基于结构的肽脱甲酰基酶抑制剂的虚拟筛选及活性研究

• 作者: 司书毅 姜威 张月琴 易红 董国霞
• 来源期刊: 中国抗生素杂志
• 关键词: 肽脱甲酰基酶 虚拟筛选 分子对接 抑酶活性 抗菌活性
• 年，卷（期）: 2012,（1）
• 所属期刊栏目: 微生物药物筛选
• 页码范围: 27-31
• 分类号: R978.1
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1001-8689.2012.01.005

摘要

目的 通过计算机虚拟筛选寻找肽脱甲酰基酶(Peptide deformylase,PDF)的小分子抑制剂.方法 从PDB(Protein Data Bank)数据库中获得与肠球菌(Enteroccous faecium)PDF序列相似性最高的肺炎链球菌PDF的X-射线衍射晶体结构,应用Sybyl7.3软件中的Surflex-Dock对我室微生物天然产物数据库(Microbial Natural Products Database,MNPD)中约15000个样品进行虚拟筛选;采用高通量荧光检测法和微稀释法分别测定虚拟筛选获得的部分高得分化合物对PDF酶的抑制作用和抗菌活性.结果 应用Surflex-Dock虚拟筛选获得得分达5.17及以上的命中化合物651个,经综合分析,挑选出其中5个化合物进行进一步的体外生物学活性研究,结果表明,1个化合物(spergualin)有一定的PDF抑制活性和抗菌活性,其它4个化合物仅有弱活性或无活性.结论 发现化合物spergualin具有一定的PDF抑制活性和抗耐药表皮葡萄球菌活性.证实了计算机虚拟筛选与实物筛选相结合可明显提高PDF酶抑制剂的筛选效率.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	司书毅	中国医学科学院北京协和医学院医药生物技术研究所	31	125	7.0	8.0
2	易红	中国医学科学院北京协和医学院医药生物技术研究所	5	8	2.0	2.0
3	姜威	中国医学科学院北京协和医学院医药生物技术研究所	16	55	5.0	6.0
4	董国霞		7	8	1.0	2.0
8	张月琴	中国医学科学院北京协和医学院医药生物技术研究所	17	127	6.0	11.0