基因表达数据中局部模式的查询

• 作者: 姜涛 尚学群 李卫榜 李战怀 陈伯林
• 来源期刊: 计算机科学
• 学科: 工学
• 关键词: 基因表达数据 局部模式 保序子矩阵 关键词查询
• 年，卷（期）: 2016,（7）
• 所属期刊栏目: 软件与数据库技术
• 页码范围: 191-196,223
• 页数: 7页
• 分类号: TP311.13
• 字数: 6602字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11896/j.issn.1002-137X.2016.9.035

摘要

基因表达数据分析一般是通过挖掘局部模式来实现的.保序子矩阵是局部模式挖掘中一种经典的模型,可以获取到在若干条件下表现出一致趋势的一组基因.高通量基因微阵列技术的进步,促进了海量基因表达数据的产生,使得对高性能基因表达数据分析算法的需求极为迫切.现有方法大多数是通过批量挖掘的方法来分析数据,即使有通过查询方式来获取精确结果的方法,其全面性与性能也有待提高.为了提高数据分析的效率与准确性,首先提出一种基于前缀树的基因表达数据索引gIndex,然后给出了一种基于列关键词查询的保序子矩阵分析方法GEQc.其不经过批量挖掘,只需要建立索引并通过关键词来完成正相关/负相关/时滞等模式的查询.实验结果表明,与现有方法相比,所提算法具有良好的数据分析效率与可扩展性.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	李战怀	西北工业大学计算机学院	254	2139	21.0	35.0
2	姜涛	西北工业大学计算机学院	11	53	5.0	7.0
3	尚学群	西北工业大学计算机学院	23	67	5.0	5.0
4	李卫榜	西北工业大学计算机学院	4	22	2.0	4.0
5	陈伯林	西北工业大学计算机学院	3	3	1.0	1.0