薏苡幼苗叶片转录组分析

• 作者: 向君亮 殷奎德 黄玉兰
• 来源期刊: 农业生物技术学报
• 学科: 农学
• 关键词: 薏苡 转录组 基因注释 基因本体(GO) 蛋白相邻类的聚簇(COG) SSRs
• 年，卷（期）: 2017,（3）
• 所属期刊栏目: 研究论文与报告
• 页码范围: 386-396
• 页数: 11页
• 分类号: S513|Q945
• 字数: 7491字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1674-7968.2017.03.005

摘要

薏苡(Coix lachryma-jobi)是一种药食兼用的作物,其营养和药用价值都很高,而关于薏苡方面研究多集中在生理生化方面,转录组方面研究较少.为了获得和挖掘薏苡的基因数据和功能,本研究利用Illumina公司Paired-End转录组测序技术进行从头组装和注释分析.总计获得了92 865条unigenes,通过BLAST与NR等蛋白质数据库进行比对,其中35 813条unigenes在数据库中有注释,占薏苡总unigenes数目的39.87％.基因本体(Gene Ontology,GO)数据库注释显示,其中1 053条unigenes可能由参与干旱胁迫的基因转录,其中编码植物激素和渗透因子合成酶的unigenes分别为409和125条.同时,在数据库中还注释了许多与薏苡活性成分相关的基因(脂类化合物,类固醇和儿茶酚胺).京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)代谢通路分析表明分析表明,6 560条unigenes涉及170条代谢或信息通路,其中,264条unigenes涉及植物信号转导途径.在这些转导途径中,AMPK(AMP-activated protein kinase)、MAPK(mitogen-activated protein kinase)、Ca2+信号转导途径都与干旱相关.此外,检测到了7 534个简单重复序列,其中最丰富的是单碱基重复3 068,其次是三碱基3 017和双碱基1 288.该转录组测序分析为薏苡抗旱基因挖掘和转录组方面研究提供了一定的理论参考.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	殷奎德	黑龙江八一农垦大学生命学院	85	484	11.0	15.0
2	黄玉兰	黑龙江八一农垦大学生命学院	51	129	5.0	7.0
3	向君亮	黑龙江八一农垦大学生命学院	13	29	3.0	5.0