基于病毒宏基因组技术侦测牡蛎体内病毒

• 作者: 姜敬哲 王江勇 许新 黄晟
• 来源期刊: 南方水产科学
• 学科: 农学
• 关键词: 牡蛎 病毒宏基因组 高通量测序
• 年，卷（期）: 2017,（5）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 39-46
• 页数: 8页
• 分类号: S944.4+1
• 字数: 6606字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.2095-0780.2017.05.006

摘要

建立了牡蛎(Crassostrea spp.)病毒宏基因组研究方法,应用差速离心和蔗糖垫超速离心提取病毒样颗粒,核酸酶处理宿主游离核酸后提取病毒总核酸,经反转录、双链合成和核酸扩增获得足量DNA.高通量测序共获得1 661 809 000个碱基,包括6 647 236个读长(reads)信息,拼接后得到50 842个重叠群(contig),序列总长度达到14 239 389 bp.同时从reads质控图等多方面对测序数据进行分析与评估,显示测序数据质量良好.数据与病毒库进行比对,发现病毒序列来自于小核糖核酸病毒科(Picornaviridae)和疱疹病毒科(Herpesviridae)2个科,类单纯疱疹病毒(Simplexvirus)、心病毒(Cardiovirus)和肠道病毒(Enterovirus)3个病毒属.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	许新		5	3	1.0	1.0
2	黄晟		1	0	0.0	0.0
6	姜敬哲		1	0	0.0	0.0
7	王江勇		1	0	0.0	0.0