真菌基因可变剪接可视化分析的新方法:ZOOM软件的应用扩展

• 作者: 严俊杰 张磊 谢宝贵 谢斌 黄千慧 龙莹
• 来源期刊: 菌物学报
• 关键词: 3'端可变剪接 5'端可变剪接 内含子保留 外显子互斥 RNA-seq数据 生物信息学方法 reads定位
• 年，卷（期）: 2017,（5）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 618-624
• 页数: 7页
• 语种: 中文
• DOI: 10.13346/j.mycosystema.160188

摘要

可变剪接是引起蛋白多样性的主要机制之一,而转录组reads的重新定位是获取可变剪接位点的有效方法,适合在基因组较小的真菌中应用.ZOOM软件是一款可在window系统下运行的reads可视化定位软件,被广泛用于下一代基因组测序(NGS)的reads定位及单碱基多态性位点(SNP)的发掘.本文发现该软件分析可变剪接的新用途,并以禾谷镰刀菌Fusarium graminearum的4个基因为例详细描述该方法在真菌可变剪接位点识别中的应用,这些结果均获得RT-PCR的验证.