基于NCBI核酸数据库资源的产黄青霉微卫星序列的筛选

• 作者: 刘云国 刘军 刘凌霄 张亮 李瑶瑶 王敏强
• 来源期刊: 烟台大学学报（自然科学与工程版）
• 学科: 生物学
• 关键词: 产黄青霉 微卫星序列 生物信息学 基因组 引物
• 年，卷（期）: 2017,（3）
• 页码范围: 191-196,213
• 页数: 7页
• 分类号: Q75
• 字数: 3281字
• 语种: 中文
• DOI: 10.13951/j.cnki.37-1213/n.2017.03.004

摘要

利用生物信息学方法在产黄青霉基因组中筛选微卫星序列,并对其基因组中微卫星数量和丰度进行了研究.利用SSRHunter1.3软件在长度为30 090 464 bp的产黄青霉基因组中共找到163个微卫星序列.其中以两碱基重复类型数目最多,为133个,占重复序列总数目的81.60%;其次是三碱基重复为29个,占17.79%;最后是四碱基1个,占0.61%.在两碱基重复序列中,AT(44.79%)重复类别最多,其次是AG(23.92%).在三碱基重复序列中,共发现9种重复类别,其中以AAG和ACT 重复类型最多,为6个(3.68%),其次是ACC(2.45%),最少的是AGC(0.61%).四碱基重复中,只有1种重复类别,为ATGT(0.61%).同时选取二碱基的重复次数在7以上和三碱基的重复次数在6以上的微卫星序列,利用Primer Premier 5.0软件设计了引物,共得到30对引物.本研究不仅为后续产黄青霉微卫星标记的筛选奠定了基础,也丰富了其基因组学资源,对产黄青霉的种群遗传结构分析、分子标记选育和遗传多样性有重要意义.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	王敏强	烟台大学生命科学学院	32	215	8.0	14.0
2	刘军	烟台大学生命科学学院	9	9	2.0	2.0
3	李瑶瑶	烟台大学生命科学学院	8	12	2.0	3.0
4	刘云国	烟台大学生命科学学院	11	38	3.0	6.0