含有L-对硝基苯丙氨酸的BAFF改构体的分子动力学模拟与分析

• 作者: 姚文兵 田浤 蔡棣
• 来源期刊: 中国药科大学学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 纳米分子动力学(NAMD) 可视化分子动力学(VMD) 分子动力学模似 CHARMM L-对硝基苯丙氨酸 B淋巴细胞刺激因子
• 年，卷（期）: 2017,（2）
• 所属期刊栏目: 论文
• 页码范围: 227-232
• 页数: 6页
• 分类号: Q61
• 字数: 3111字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11665/j.issn.1000-5048.20170215

摘要

建立含有L-对硝基苯丙氨酸(p-nitro-L-phenylalanine,pNO2Phe)蛋白的分子动力学模拟方法,分析了含有pNO2Phe的蛋白具有免疫原性的构效关系,为其他含有非天然氨基酸蛋白的动力学模拟研究提供参考.使用CGenFF-paramchem计算天然氨基酸中不存在的L-对硝基苯丙氨酸的新的成键、键角、二面角信息与能量,将新成键的键长、键角、二面角参数与相应的能量信息写入CHARMM(chemistry at Harvard macromolecular mechanics)力场参数文件中.重新定义L-对硝基苯丙氨酸的CHARMM力场参数后,利用纳米分子动力学(NAMD)成功对舍有L-对硝基苯丙氨酸的B淋巴细胞刺激因子(BAFF)进行动力学模拟.统计动力学模拟过程中的每一帧体系的温度,作出的温度分布图符合正态分布,证明了新定义力场参数的稳定性.模拟结果中,蛋白的均方根偏差(RMSD)在趋近于2.5,pNO2 Phe残基的均方根涨落(RMSF)为3.7,显著高于分子的其他部位,表明pNO2Phe残基运动剧烈,蛋白在该残基附近结构的可变性较大,可能会产生新的构象表位,为含有pNO2Phe蛋白成为自体疫苗的设计提供了理论上的可行性.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	姚文兵	中国药科大学生命科学与技术学院	140	842	17.0	23.0
2	田浤	中国药科大学生命科学与技术学院	35	69	6.0	7.0
3	蔡棣	中国药科大学生命科学与技术学院	2	2	1.0	1.0