基于蛋白质专一性力场和分子动力学模拟研究细胞周期依赖性蛋白激酶5与Roscovitine衍生物的作用机制

• 作者: 朱小蕾 杨雪雨 王璇 董珂珂
• 来源期刊: 南京工业大学学报（自然科学版）
• 学科: 化学
• 关键词: Roscovitine衍生物 细胞周期依赖性蛋白激酶5 分子动力学模拟 蛋白质专一性电荷
• 年，卷（期）: 2017,（2）
• 页码范围: 127-132
• 页数: 6页
• 分类号: O643.1
• 字数: 3572字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1671-7627.2017.02.021

摘要

本文通过分子对接,将极化的蛋白质专一性电荷(PPC)替换AMBERFF03电荷,利用分子动力学模拟(MD)和结合自由能计算等方法研究3种Roscovitine衍生物抑制剂与细胞周期依赖性蛋白激酶5(CDK5)的相互作用,分析药物与其周围残基之间的氢键作用以及蛋白质极化对静电作用和范德华作用等的影响.模拟结果表明:3种抑制剂与CDK5的结合模式很相似,范德华力对亲和能有较大贡献.但残基分解分析表明Glu81、Cys83和Lys89与抑制剂形成静电相互作用能显著区分3种不同Roscovitine衍生物类抑制剂的生物活性.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	王璇	南京工业大学化工学院材料化学工程国家重点实验室	6	5	2.0	2.0
2	朱小蕾	南京工业大学化工学院材料化学工程国家重点实验室	44	52	4.0	6.0
3	董珂珂	南京工业大学化工学院材料化学工程国家重点实验室	7	1	1.0	1.0
4	杨雪雨	南京工业大学化工学院材料化学工程国家重点实验室	7	1	1.0	1.0