田鼠巴贝虫GAPDH蛋白特性和抗原表位的生物信息学分析

• 作者: 付琳琳 刘相叶 李会琴 郑葵阳 郑辰 闫红茹 陈泽天
• 来源期刊: 徐州医科大学学报
• 学科: 医学
• 关键词: 田鼠巴贝虫 3-磷酸甘油醛脱氢酶 生物信息学分析 蛋白特性 抗原表位
• 年，卷（期）: 2017,（9）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 561-565
• 页数: 5页
• 分类号: R382.3
• 字数: 3352字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1000-2065.2017.09.001

摘要

目的 分析田鼠巴贝虫3-磷酸甘油醛脱氢酶(BmGAPDH)的蛋白特性和抗原表位.方法 运用ORF Finder、PROSITE、ProtParam、SignalP、TMHMM Server、SOUSI、MotifScan、Bcepred、HNN等生物信息学软件分析预测BmGAPDH基因的开放阅读框和编码蛋白的特征结构域、理化性质、信号肽、跨膜结构域、稳定性、可溶性、翻译后修饰位点、亲水性、柔韧性、表面可及性、二级结构等特性;同时结合DNAStar和SWISS-MODEL软件分别预测蛋白的抗原表位和三维空间结构.结果 BmGAPDH由1074个核苷酸编码的357个氨基酸组成,其特征结构域位于170-177位氨基酸残基.编码蛋白相对分子质量为3.833309×104,分子式为C1700H2723N457O514S17,理论等电点为6.98,不存在信号肽,有1个跨膜区,23个翻译后修饰位点,6个亲水性参数得分≥1.9的区域,3个柔韧性参数得分≥2.0的区域,10个表面可及性参数得分≥1.9的区域,8个潜在的B细胞抗原表位,19个潜在的T细胞抗原表位,在溶液中性质稳定,且为疏水性蛋白.BmGAPDH蛋白和人类的GAPDH蛋白序列覆盖率为56%,相似性为70%.结论 BmGAPDH含有多种抗原表位,且含量丰富,具有成为巴贝虫病疫苗候选抗原的潜在特性.