樱桃谷鸭OASL基因全长cDNA的克隆及其生物信息学分析

• 作者: 刘宇卓 刘青涛 李银 杨婧 毕可然 赵冬敏 韩凯凯 黄欣梅
• 来源期刊: 江苏农业学报
• 学科: 农学
• 关键词: 樱桃谷鸭 OASL基因 RACE 生物信息学分析
• 年，卷（期）: 2017,（2）
• 所属期刊栏目: 畜牧兽医·水产养殖
• 页码范围: 373-378
• 页数: 6页
• 分类号: S858.32
• 字数: 4495字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1000-4440.2017.02.021

摘要

为了获得樱桃谷鸭寡腺苷酸合成酶样蛋白质基因(OASL)全长cDNA,并且初步了解其生物学特性,采用RT-PCR和RACE方法从鸭脾脏组织总RNA中扩增OASL基因cDNA片段,应用生物信息学方法,系统分析鸭OASL的遗传进化以及蛋白质的理化性质、二级结构和亚细胞定位.结果表明,樱桃谷鸭OASL基因(GenBank登录号: KX255654)全长1 630 bp,其中包含19 bp的5′UTR(Untranslated region,UTR)、99 bp的3′UTR(Untranslated region, UTR)和PolyA尾巴、1 512 bp的编码区(Coding region,CDS), 翻译编码504个氨基酸多肽.鸭OASL蛋白具有寡腺苷酸合成酶(OAS)蛋白家族的典型特征,即N端为寡腺苷酸合成酶样结构域(OAS-like domain,OLD),C端为2个串联的泛素化样结构域(Ubiquitin-like domains, UbLDs),不具有信号肽和跨膜区.序列比对和系统进化分析结果表明,OASL氨基酸序列在同种之间比较保守,与已报道的鸭OASL的同源性高达100%,与鹅同源性为78%,与人、鼠和猪等哺乳动物的同源性仅为43%~45%.