蒙古马小RNA高通量测序分析

• 作者: 任秀娟 白东义 芒来 萨如拉 赵一萍 阿娜尔 陶克涛 鲍红梅 黄金龙
• 来源期刊: 农业生物技术学报
• 学科: 农学
• 关键词: 蒙古马 miRNA 高通量测序 靶基因预测
• 年，卷（期）: 2017,（4）
• 所属期刊栏目: 研究论文与报告
• 页码范围: 614-620
• 页数: 7页
• 分类号: S821.2
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1674-7968.2017.04.011

摘要

miRNA(microRNA)是重要的转录后调控因子,在很多物种中己获得鉴定,然而对马(Equus caballus)的miRNA相关研究较少.本研究应用Solexa测序技术对蒙古马的8个组织混合样小RNA进行测序并做了相关的生物信息学分析.结果得到5 199 802个小RNA纯净序列(clean reads),经过长度分布统计和分类注释后,将其与miRBase数据库比对鉴定马的239个保守miRNA.同时,用Mireap软件预测出510个miRNAs,其中238个miRNAs能与马已知miRNA匹配,272个miRNA没能匹配.使用miRanda软件对预测出的所有miRNA进行靶基因预测,获得23 037个靶基因和1 974 153个靶位点.本研究结果丰富了马miRNA数据资源,为进一步研究miRNA在马生物学功能研究工作提供了理论依据.