基于RNA-Seq筛选鸭肠炎病毒感染鸭脾差异表达免疫相关基因

• 作者: 万润 华敏 吴良涛 周碧君 文明 程振涛 郑敏
• 来源期刊: 畜牧兽医学报
• 学科: 农学
• 关键词: RAN-Seq 鸭肠炎病毒 脾 差异表达 免疫相关基因
• 年，卷（期）: 2017,（2）
• 所属期刊栏目: 预防兽医
• 页码范围: 297-306
• 页数: 10页
• 分类号: S858.325.3|S852.659.1
• 字数: 4371字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11843/j.issn.0366-6964.2017.02.013

摘要

为挖掘鸭肠炎病毒(duck enteritis virus,DEV)感染鸭的差异表达免疫相关基因,本研究以DEV GZ株经腿部肌肉接种50 d鸭后,于接种后66、90和114 h采集鸭脾组织样本,提取总RNA,通过高通量RNA-seq技术测序,应用GO和KEGG数据库进行比对注释,并采用荧光定量PCR对部分差异表达基因进行验证,结果显示:DEV接种66 h时鸭脾的差异表达基因有511个,参与免疫相关生物学过程的为70个,其中上调基因46个,下调基因24个;90 h时差异表达基因有485个,参与免疫相关生物学过程的为64个,其中上调基因49个,下调基因15个;114h时差异表达基因有531个,参与免疫相关生物学过程的为66个,其中上调基因35个,下调基因31个.GO数据库分析显示,差异表达免疫相关基因主要涉及细胞黏附、抗原加工和呈递、补体激活等免疫反应过程;KEGG数据库分析显示,差异表达免疫相关基因主要富集在细胞黏附分子、ECM受体互作、PPAR等信号通路;荧光定量PCR对7个差异表达基因进行检测显示,差异表达基因相对表达量与RNA-Seq技术测序结果基本一致.这些结果为进一步阐明DEV感染机制和机体免疫应答机制奠定了基础.