基于RNA-Seq筛选ALV-J感染汶上芦花鸡肝差异表达致病相关基因

• 作者: 俞燕 吴井生 张会永 朱云芬 朱静 李国辉 杨剑波 殷建玫 苏一军 薛倩 韩威
• 来源期刊: 畜牧兽医学报
• 学科: 农学
• 关键词: 汶上芦花鸡 J亚群白血病病毒 转录组测序 差异表达基因
• 年，卷（期）: 2020,（8）
• 所属期刊栏目: 研究简报
• 页码范围: 2003-2011
• 页数: 9页
• 分类号: S831.2
• 字数: 4293字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11843/j.issn.0366-6964.2020.08.025

摘要

为挖掘感染A L V-J汶上芦花鸡的肝差异表达致病相关基因.本研究以汶上芦花鸡为试验素材,分别在42和300日龄进行ALV血液病毒分离检测筛选ALV阴性和阳性个体,对ALV阳性个体有病理变化的肝组织和阴性个体肝组织进行PCR检测,分别选取3只ALV阳性(G1组)和阴性(G2组)个体的肝组织,并对G1组PCR产物测序、聚类分析确定ALV亚型,利用RNA-Seq测序技术筛选差异表达基因,并进行功能分析,利用荧光定量qRT-PCR对部分差异表达基因进行验证.结果表明,G1组样品经PCR检测、PCR扩增产物测序和聚类分析确定ALV为J亚型,转录组分析发现,共有42个差异基因在GO和KEGG中富集,其中,上调基因18个,下调基因24个.随机选取的5个差异表达基因qRT-PCR验证结果与RNA-Seq测序结果相一致.GO分析显示,差异表达基因主要涉及细胞过程、代谢过程、对刺激的反应、免疫系统等;KEGG分析显示,差异表达基因主要富集在细胞过程、信号传导、疾病、新陈代谢等信号通路.本研究通过转录组分析发现了影响ALV-J致病性的多个基因和关键信号通路,为深入了解ALV-J致病的分子机制提供了思路.