基于SVM-RFE算法的凋亡蛋白亚细胞定位预测

• 作者: 刘太岗 王春华
• 来源期刊: 计算机工程与应用
• 学科: 工学
• 关键词: 位置特异性得分矩阵 自协方差变换 支持向量机 递归特征消除 夹克刀检验
• 年，卷（期）: 2017,（10）
• 页码范围: 155-159
• 页数: 5页
• 分类号: TP181
• 字数: 4151字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3778/j.issn.1002-8331.1512-0276

摘要

获取凋亡蛋白亚细胞定位的信息对揭示细胞程序性死亡的机制和注解蛋白质功能都具有非常重要的意义.鉴于实验方法确定亚细胞定位不仅费时费力而且代价过高,开发快速有效的计算方法预测亚细胞定位已成为生物信息学领域的重要研究内容之一.首先基于位置特异性得分矩阵提取氨基酸组分、二肽组分和自协方差变量等特征构建蛋白质序列的特征表示模型,然后采用递归特征消除法进行特征选择,最后选用支持向量机分类器在两个常用数据集上进行夹克刀检验.实验结果表明,该方法优于大多数已报道的预测方法,从而证明了其有效性.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	刘太岗	上海海洋大学信息学院	7	10	2.0	3.0
2	王春华	上海海洋大学信息学院	14	23	3.0	4.0