miR-210的红细胞系相关下游靶基因预测

• 作者: 丁谨 刘芳 施继禹 曹艳 李文俊
• 来源期刊: 山东医药
• 学科: 医学
• 关键词: 微小RNA miR-210 红细胞系 靶基因 生物信息学
• 年，卷（期）: 2017,（3）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 20-24
• 页数: 5页
• 分类号: Q522|R318
• 字数: 3743字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1002-266X.2017.03.006

摘要

目的：利用生物信息学方法预测 miR-210的红细胞系（以下简称红系）相关下游靶基因。方法利用NCBI 比对分析 miR-210成熟序列在各哺乳动物之间的保守性。运用基因数据库筛选 miR-210的下游靶基因。采用 Cytoscape 中的 BINGO 插件对预测的 miR-210下游靶基因进行 GO 分类富集分析。筛选参与红系增殖、分化、凋亡的 miR-210下游靶基因，采用 DAVID 和 KEGG 数据库进行信号转导通路富集分析后，预测 miR-210的红系相关下游靶基因。利用 Targetscan 在线工具验证靶基因与 miR-210的相互作用关系。结果 miR-210成熟序列在多物种间具有高度保守性。筛选出416个与 miR-210相关性较高的预测靶基因，其分子功能集中在蛋白结合、离子跨膜运输活动、酶结合等，参与的生物学过程集中在细胞信号转导、突触传导等，参与构成的细胞组分主要有突触小泡、细胞质、细胞器等。筛选出26个与红系增殖、分化、凋亡密切相关的 miR-210下游靶基因，参与调控的信号通路主要集中于癌症信号通路、PI3K-Akt 信号通路等。初步确定 Smad3、Mapk10、Stat5a、Ywhag、Ctgf、Kitl6基因与红系增殖、分化密切相关，其中 Smad3、Mapk10、Stat5a、Ywhag、Kitl 可能受 miR-210的直接调控，Ctgf 可能受 miR-210的间接调控。结论初步筛选出 miR-210的红系相关下游靶基因 Smad3、Mapk10、Stat5a、Ywhag、Ctgf、Kitl6，这些靶基因可能与红系的增殖、分化有关。

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	刘芳	青海大学医学院	35	104	6.0	8.0
2	丁谨	青海大学医学院	5	5	1.0	2.0
3	施继禹	青海大学医学院	4	10	2.0	3.0
4	曹艳	青海大学医学院	1	0	0.0	0.0
5	李文俊	青海大学医学院	1	0	0.0	0.0