基于高通量测序的药用植物"凤丹"根皮的转录组分析

• 作者: 俞年军 刘丛彬 彭代银 朱月健 谢冬梅 黄浩 黄璐琦
• 来源期刊: 中国中药杂志
• 关键词: 牡丹皮 转录组 次生代谢 差异基因 简单重复序列
• 年，卷（期）: 2017,（15）
• 所属期刊栏目: 分子生药学
• 页码范围: 2954-2961
• 页数: 8页
• 语种: 中文

摘要

牡丹皮为我国传统常用中药,安徽省铜陵地区栽培的"凤丹"根皮加工而成的药材牡丹皮被誉为道地药材,药用活性成分丰富多样,但目前尚不清楚 "凤丹"药用部位次生代谢过程中活性物质合成的遗传学基础.研究采用Illumina HiSeq 4000高通量测序平台对五年生"凤丹"根皮转录组进行测序,对测序结果进行de novo 拼接和功能注释,测序后获得72 997条unigene.进一步利用公共数据库进行同源比对,其中41 139条unigene被Nr数据库成功注释,34 952条unigene能被GO数据库成功注释,20 016条unigene被KEGG数据库成功舒注释,共涉及到5个大类、34个种类、352条代谢通路;在次生物质合成与代谢途径中,其中苯丙素类化合物、萜类化合物骨架合成、各种类型萜类化合物、生物碱类化合物以及黄酮类成分生物合成途径中的unigene分别有214,104,152,55,36个;不同产地样本间差异表达基因的富集性比较显示不同产地样本间存在明显差异;此外,在72 997条unigene中共检测到9 939个SSR序列,其中二核苷酸重复的SSR标记占20.75%.研究的结果不仅为挖掘"凤丹"次生代谢物生物合成关键基因提供了基础数据信息,也为药用牡丹的遗传多样性研究和分子标记开发奠定了分子基础.