卵巢癌HELQ蛋白结构和功能的生物信息学工具分析预测

• 作者: 张琳 李亚萍 秦勇 邹余粮 黄新
• 来源期刊: 山东医药
• 学科: 医学
• 关键词: 卵巢癌 HELQ基因 HELQ蛋白 三级结构 ATP依赖性解旋酶
• 年，卷（期）: 2017,（35）
• 所属期刊栏目: 基础研究
• 页码范围: 29-32
• 页数: 4页
• 分类号: R737.3
• 字数: 2702字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1002-266X.2017.35.009

摘要

目的 预测卵巢癌抑癌基因HELQ编码蛋白(HELQ蛋白)的结构和功能.方法 采用ExPASy服务器中的工具分析HELQ蛋白的理化特征.分别采用PSORTⅡ和TMHMM预测HELQ蛋白的亚细胞定位和跨膜拓扑结构.采用SignalP 4.0预测HELQ蛋白的信号肽.采用ScanProsite和SMART分析HELQ蛋白的功能结构域以及结构域分区.采用PSIPRED和I-TASSER预测HELQ蛋白的二级和三级结构以及配体结合位点.采用STRING 10.0预测HELQ蛋白与其他蛋白的交互作用.结果 HELQ蛋白主要定位在细胞核(47.8%)和细胞质(39.1%)中,有4个保守结构域DEXDc、HELICc、HHH_5和PRK02362,并包含解旋酶ATP结合区和解旋酶C端结合区两个功能结构域;成功建立了HELQ蛋白的二级和三级结构模型,其中二级结构中α螺旋、无规则卷曲及折叠结构比例分别为54%、31%和6%.三维配体结构分析发现HELQ蛋白包含一个酶活性中心位点His341,催化Ile333、Lys335、Tyr337、Gln340、Pro360、Thr361、Ser362、Gly363、Gly364、Lys365、Thr366、Leu367、Glu464和Ala711等结合位点与配体ATP结合.交联蛋白质分析发现HELQ蛋白可能与RAD51、POLA1、PLON、FANCD2、DHX8等蛋白存在交互作用.结论 HELQ蛋白可能具有ATP依赖性解旋酶的结构和功能,参与DNA损伤的修复过程.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	邹余粮	西安交通大学第一附属医院	75	291	9.0	13.0
2	秦勇		16	113	6.0	10.0
3	李亚萍		9	27	3.0	4.0
4	张琳		25	118	6.0	9.0
5	黄新		12	42	4.0	5.0