臭柏叶绿体基因组结构与系统进化分析

• 作者: 张国盛 张玉琨 张磊 李娅翔 路东晔 郝蕾 郭文雨
• 来源期刊: 西北植物学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 臭柏 叶绿体基因组 系统进化
• 年，卷（期）: 2018,（8）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 1464-1475
• 页数: 12页
• 分类号: Q732|Q789
• 字数: 6548字
• 语种: 中文
• DOI: 10.7606/j.issn.1000-4025.2018.08.1464

摘要

以臭柏为研究材料,利用高通量测序技术对臭柏的叶绿体基因组进行测序,分析了臭柏叶绿体基因组结构特征及系统进化关系.结果表明:(1)臭柏叶绿体基因组由大单拷贝区、小单拷贝区和2个反向重复区构成,但反向重复区只有261 bp;基因组全长157739 bp,包含119个基因,即82个蛋白编码基因、4个rRNA基因和33个tRNA基因,其中trnI-CA U和trnQ-UUG基因有2个拷贝,其他基因均为单拷贝,且多拷贝基因中仅trnQ-UUG位于反向重复区.(2)生物信息学分析表明,臭柏叶绿体基因组共有42579个密码子,其中编码亮氨酸Leu的数量最多,相对同义密码子使用度最高的为AGA/UUA;在臭柏叶绿体基因组中共预测到47个SSR位点,单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸数目分别为38、1和3个;臭柏与其他刺柏属植物相比较,其基因组大小、基因组成及GC含量相近.(3)采用RAxML软件最大似然法对杨柳科、松科、蔷薇科和柏科等共31种植物构建的系统进化树表明,臭柏与刺柏属内Juniperus bermudiana亲缘关系相对较近,整个刺柏属植物分支为单系类群.该研究丰富了臭柏的遗传信息,为臭柏种质资源评价和保育、分子育种、SSR分子标记的开发、遗传多样性和群体谱系地理研究等奠定了理论基础,同时也为构建柏科植物的系统进化提供了支持.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	张国盛	内蒙古农业大学林学院	91	1245	20.0	31.0
2	张磊	内蒙古农业大学林学院	37	257	8.0	15.0
3	路东晔	内蒙古农业大学林学院	7	4	2.0	2.0
4	李娅翔	内蒙古农业大学林学院	4	7	2.0	2.0
5	郝蕾	内蒙古农业大学林学院	8	35	3.0	5.0
6	郭文雨	内蒙古农业大学林学院	1	2	1.0	1.0
7	张玉琨	内蒙古农业大学林学院	1	2	1.0	1.0