滑膜肉瘤差异表达基因生物信息学分析

• 作者: 宋旸 张桂珍 李照彦 杜珍武 杨麒巍 林菲菲 王庆宇 陈高扬
• 来源期刊: 中国体视学与图像分析
• 学科: 医学
• 关键词: 长链非编码RNA 生物信息学分析 ceRNA 滑膜肉瘤
• 年，卷（期）: 2018,（3）
• 所属期刊栏目: 生物医学
• 页码范围: 260-270
• 页数: 11页
• 分类号: R446.8|R604|R394.3
• 语种: 中文
• DOI: 10.13505/j.1007-1482.2018.23.03.006

摘要

目的 通过生物信息学分析方法筛选滑膜肉瘤组织中关键lncRNA、microRNAs和mRNA,阐述其互相作用机制以及关键信号通路.方法 通过Gene Expression Omnibus (GEO)在线数据库检索并下载人滑膜肉瘤转录组数据,并应用基因本体论分析(Gene Ontology,GO)、京都基因和基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)、竞争性内源RNA(competing endogenous RNAs,ceRNAs)互作网络分析和蛋白互作网络分析(Protein-Protein Interaction,PPI)对差异表达基因进行深入分析.结果 共4个数据集纳入本项研究包括GSE28866,GSE 18546,GSE2719和GSE42977,包含21个滑膜肉瘤组织和56个正常对照组织,在这些数据集中共获取了12个差异表达的lncRNA,119个差异表达的miRNA和1637个差异表达的mRNA.构建ceRNA调控网络并展示lncRNA-miRNA-mRNA之间的调控作用,发现6个IncRNA(RP11-123K19.1,RP11-261N11.8,MEG3,FOXD2-AS1,CTD-2228K2.7,LINC00982)和7个miRNA(hsa-miR-142-5p,bsa-miR-548c-3p,hsa-miR-1224-5p,hsa-miR-133b,hsa-miR-206,hsa-miR-378-3p,hsa-miR-765)在滑膜肉瘤病变中具有重要作用.KEGG分析示滑膜肉瘤病变与47个信号通路显著相关(P＜0.05),特别是癌症中转录失调的信号通路(P=5.56×10-8).PPI互作网络分析展示了154种蛋白质,6种转录因子和10个信号通路之间的相互作用.结论 通过对在线数据库进行生物信息学分析,滑膜肉瘤的多个关键分子靶点和信号通路被确认,有助于对滑膜肉瘤病变分子发病机制进行深入研究.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	张桂珍		109	466	11.0	16.0
2	宋旸		24	41	3.0	5.0
3	杜珍武		59	140	6.0	8.0
4	杨麒巍		13	37	4.0	6.0
5	王庆宇		9	9	1.0	3.0
6	林菲菲		7	12	2.0	3.0
7	陈高扬		7	17	2.0	4.0
8	李照彦		4	4	1.0	2.0