大弹涂鱼皮肤转录组测序及抗菌肽基因分析

• 作者: 宫延斌 廖智 张毓霞 王日昕 石戈 范美华
• 来源期刊: 生命科学研究
• 学科: 生物学
• 关键词: 大弹涂鱼 皮肤 转录组 抗菌肽 序列分析
• 年，卷（期）: 2018,（1）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 26-35
• 页数: 10页
• 分类号: Q71
• 语种: 中文
• DOI: 10.16605/j.cnki.1007-7847.2018.01.005

摘要

抗菌肽是鱼类用于抵御外界微生物入侵的天然防御多肽,也是开发新型药物的重要先导分子.大弹涂鱼(Boleophthalmus pectinirostris)是一种特殊的可以营两栖生活的鱼类,其皮肤表面具有丰富的粘液,其中所含抗菌肽对其免疫防御和适应两栖生活具有重要意义.为深入了解大弹涂鱼皮肤组织基因表达谱并从中筛选抗菌肽相关基因,采用新一代Illumina高通量测序平台对大弹涂鱼皮肤组织进行了转录组测序.利用Trinity软件从头组装,从测得的78 608 366条双端测序读长(paired-end read)共计6GB的序列数据中获得119 848条高质量的蛋白质编码基因(unigene).经公共数据库序列检索和比对,发现7个unigene编码的多肽与已知的鱼类5大家族的抗菌肽高度同源,即β-防御素(β-defensin)、hepcidin、NK-lysin、piscidin和肝表达抗菌肽-2(liver-expressed antimicrobial peptide-2,LEAP-2).最后,对上述抗菌肽相关unigene开展了组织表达差异分析、序列比对及进化树分析.研究结果为进一步了解大弹涂鱼适应两栖生活的免疫防御机制和利用新鉴定的抗菌肽开发新型抗菌药物奠定了基础.