基于COI和16S rRNA的库页岛马珂蛤遗传多样性和分子系统进化研究

• 作者: 孙明媛 孙晓晴 张研 朱锐 李尚琪 李炯棠 王红伟
• 来源期刊: 中国水产科学
• 学科: 农学
• 关键词: DNA条形码 COI 16SrRNA 马珂蛤科 帘蛤科 遗传多样性
• 年，卷（期）: 2018,（4）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 891-901
• 页数: 11页
• 分类号: S917
• 字数: 6744字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3724/SP.J.1118.2018.18033

摘要

本研究以库页岛马珂蛤(Pseudocardium sachalinense)为研究对象,讨论COI和16S rRNA两种DNA条形码在贝类的遗传多样性、分子进化和种类鉴定的适用性,并利用两种条形码评估库页岛马珂蛤的遗传多样性.本文在获得库页岛马珂蛤线粒体全基因组的基础上,测序获得库页岛马珂蛤群体的COI和16S rRNA序列,发现COI基因核苷酸多样性为0.00195,高于16S rRNA核苷酸多样性(0.00073).基于COI基因的单倍型多样性为0.76,大于16S rRNA的单倍型多样性(0.318).其次,用全线粒体基因组构建8种贝类的系统进化树为参考,发现基于COI和16S rRNA的系统进化树与参考一致,提示这两种条形码片段可用于推断贝类的分子进化关系.最后,分别对马珂蛤科和帘蛤科15属17种贝类的COI基因和16SrDNA进行序列比较,发现COI基因和16S rRNA的种间遗传距离均是种内距离的62倍.以上结果说明,16S rRNA与COI基因一样,能有效地构建马珂蛤科和帘蛤科的系统发育关系和物种鉴定,但在分析库页岛马珂蛤的遗传多样性时利用COI基因比16S rRNA能发现更多的遗传变异.