基于DNA条码基因的鳢科鱼类系统进化与物种鉴定

• 作者: 上官清 叶朝阳 孙博 朱新平 李伟 梁宏伟 赵建 陈昆慈
• 来源期刊: 中国水产科学
• 学科: 农学
• 关键词: 鳢 线粒体COI基因 DNA条码
• 年，卷（期）: 2018,（4）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 793-802
• 页数: 10页
• 分类号: S917
• 字数: 4600字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3724/SP.J.1118.2018.18062

摘要

鳢科(Channidae)鱼类在亚洲分布广泛,其中中国的土著种类是重要养殖品种,国外很多种类主要作为观赏鱼引进我国.本研究利用线粒体COI基因序列,对分布于我国的鳢科鱼类不同种群样本序列,及在GenBank中获得其他鳢科鱼类的序列进行分析,探讨其作为DNA条形码基因对鳢科进行物种鉴定和系统进化分析的可行性.通过对本研究采集的149个鳢样本和122条GenBank中已有序列进行分析,结果显示,所研究的鳢科鱼类的COI基因576 bp片段中不存在碱基插入缺失现象,其平均碱基含量A+T(51.4％)高于G+C含量(48.6％),存在偏倚性;多态位点占47.2％.利用Mega 6.0软件基于Kimura's 2-parameter模型计算25种鳢种内平均遗传距离为0.028,其中巴卡鳢(Channidae barca)种内遗传距离最大,为0.137,超过了某些种间遗传距离;种间遗传距离为0.030～0.302,平均为0.217.其中最大距离0.302为饰鳍鳢(Channidae ornatipinnis)和黑体鳢(Channidae melasoma)之间,甚至超过了与外群之间的距离.利用邻接法(Neighbour-Joining,NJ)和最大似然法(Maximum Likelihood Tree,ML)分别构建系统进化树,同种个体获得较高支持率,而不同种间的关系支持率较低,同时发现存在由多个种组成的巴卡鳢和南鳢复合支系.本研究表明,进行我国土著鳢科鱼类物种鉴定时COI基因是有效的工具,而进行外来观赏鱼鉴定,尤其是巴卡鳢、斯氏鳢等物种进行鉴定时,需结合多方面信息;COI基因不适合鳢科鱼类种间遗传进化关系的研究.