基于参数优化的染色体三维结构预测算法VMBO

• 作者: 张卫 李建更 李晓丹
• 来源期刊: 北京工业大学学报
• 学科: 工学
• 关键词: Hi-C接触频率 基于流形最优化(MBO) 染色体结构的预测 平均结构 变参数的基于流形优化的算法(VMBO)
• 年，卷（期）: 2018,（2）
• 所属期刊栏目: 电子信息与控制工程
• 页码范围: 207-214
• 页数: 8页
• 分类号: TP308
• 字数: 6358字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11936/bjutxb2016110035

摘要

认识染色体的三维空间结构对于理解细胞核内基因组的表达、调控等具有重要作用.针对Hi-C数据稀疏和含有噪声的特点,提出了基于流形优化(manifold based optimization,MBO)与参数优化相结合的染色体三维结构预测方法——变参数的基于流形优化的算法(variable-parameter MBO,VMBO).通过黄金分割算法迭代优化转换参数,将染色体片段间的接触频率转换为空间距离值;然后用MBO算法重构染色体的三维平均结构(consensus structures).在实验部分用模拟数据集和真实的Hi-C数据集进行三维结构预测,预测结果的均方根误差(root mean squared deviation,RMSD)和距离的斯皮尔曼相关系数(distance Spearman correlation coefficient,dSCC)说明了VMBO算法的有效性和鲁棒性.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	李建更	北京工业大学电子信息与控制工程学院	44	345	9.0	17.0
5	张卫	北京工业大学电子信息与控制工程学院	2	13	1.0	2.0
6	李晓丹	北京工业大学电子信息与控制工程学院	1	1	1.0	1.0