盐藻microRNAs高通量测序和生物信息学分析

• 作者: 娄素琳 曾志勇 朱秀兰 李辉 胡章立
• 来源期刊: 深圳大学学报（理工版）
• 学科: 生物学
• 关键词: 分子生物学 生物信息学 高通量测序 杜氏盐藻 小核糖核酸 β-胡萝卜素
• 年，卷（期）: 2018,（4）
• 所属期刊栏目: 生物工程
• 页码范围: 331-333
• 页数: 3页
• 分类号: Q173
• 字数: 1720字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3724/SP.J.1249.2018.04331

摘要

小核糖核酸(micro ribonucleic acid,microRNA或miRNA)是一类内源性长约21 ～ 24个核苷酸碱基(nucleotide,nt)的非编码RNA,在真核生物的基因转录后调控中起着重要作用.杜氏盐藻(Dunaliella salina)是β-胡萝卜素含量最高的真核微藻,为探究其是否存在内源miRNA,构建了小RNA文库,通过Illumina HiSeqTM2500高通量测序的方法对盐藻进行小RNA测序.测序共获得11 542 169条clean tags(3个盐藻文库clean tags数的平均值).比对GnenBank数据库、Rfam数据库及盐藻的参考基因组数据,筛选后的clean tags数据再比对miRBase数据库,3个盐藻生物学重复分别获得已知miRNA为42、41和44个.比对盐藻参考基因组及其miRNA前体发卡结构预测,3个重复分别获得盐藻新的miRNA为920、880和957个.预测所有miRNA的靶基因,并对其进行功能富集,发现靶基因在细胞代谢进程、分子功能的结合和催化活性方面较多.首次鉴定了杜氏盐藻中具有miRNA的存在,对揭示miRNA这一调控机制广泛存在于单细胞真核绿藻提供了依据.