肺形侧耳低温胁迫时期的转录组分析

• 作者: 叶丽云 吴小平 解凡 赵丽丽
• 来源期刊: 菌物学报
• 关键词: 肺形侧耳 低温胁迫 高通量测序 差异基因 HOG-MAPK通路
• 年，卷（期）: 2018,（12）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 1598-1607
• 页数: 10页
• 语种: 中文
• DOI: 10.13346/j.mycosystema.180194

摘要

本文以肺形侧耳栽培菌株X57为研究对象,利用高通量RNA测序技术对4℃低温处理0h、6h和12h后的肺形侧耳进行基因表达分析来探讨肺形侧耳低温应答机制.分析结果筛选出低温处理6h差异表达基因742个,其中上调表达基因374个,下调表达基因368个;低温处理12h差异表达基因1 489个,其中上调表达基因占53％,下调表达基因占47％.Gene Ontology (GO)功能聚类分析表明,差异表达基因主要富集在结合、催化分子功能组和代谢过程、细胞过程生物学过程中.KEGG功能富集分析结果显示,差异基因主要富集在氨基酸、核糖体和类固醇生物合成,及氮类物质代谢的通路上,富集到与低温胁迫相关通路MAPK signaling pathway-yeast上的基因表达随低温处理时间的增加呈上调趋势.已报道HOG-MAPK通路是MAPK途径研究较为明确、信号传递单一的真菌低温胁迫中重要的通路,本文运用生物信息学软件构建肺形侧耳的HOG-MAPK通路,并利用荧光定量PCR对相关基因表达进行验证,结果显示以低温处理0h为参照,随着低温胁迫时间增加通路上大部分基因的表达量持续上升,且差异显著,与RNA-Seq分析结果一致.本文通过全面分析肺形侧耳低温胁迫时期基因表达情况,为进一步研究肺形侧耳低温胁迫相关重要基因的功能鉴定与信号通路调控机理提供基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	吴小平	福建农林大学菌物研究中心	63	486	13.0	19.0
2	叶丽云	福建农林大学菌物研究中心	13	35	4.0	5.0
3	解凡	福建农林大学菌物研究中心	4	5	2.0	2.0
4	赵丽丽	福建农林大学菌物研究中心	3	5	2.0	2.0