脊椎动物基因组中转录因子结合位点的分布差异比较

• 作者: 伯晓晨 李宛莹 李昊 李睿江 江帅 陈河兵
• 来源期刊: 军事医学
• 学科: 生物学
• 关键词: 脊椎动物 基因组 转录因子 结合部位
• 年，卷（期）: 2018,（8）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 598-603
• 页数: 6页
• 分类号: Q78
• 字数: 4786字
• 语种: 中文
• DOI: 10.7644/j.issn.1674-9960.2018.08.008

摘要

目的 探索4种脊椎动物转录因子结合位点(TFBS)在基因组分布情况.方法 使用Bowtie比对软件将4个物种高通量测序数据进行序列比对,获得染色质开放区间,基于Cis-BP数据库的转录因子模体(motif),采用FIMO算法识别染色质开放区间上TFBS区域,对TFBS在基因组的分布情况、序列特征、是否存在聚集情况进行分析.结果 编码基因启动子上下游区域处于开放状态的基因数目比例不同;相同TFBS在4个物种中的识别位点数目不同;4种脊椎动物TFBS在基因组分布位置相似,主要分布于基因间区、内含子区,少量分布于编码蛋白区、启动子区;4个物种的TFBS在基因组均呈现聚集分布,聚集区间长度不同,担尼鱼(斑马鱼)、黑猩猩的聚集区间长度>2000 bp,小鼠聚集区间长度约500 bp,人的聚集区间长度约650 bp.结论 4种脊椎动物的TFBS在基因组分布大部分保守,聚集区间长度存在差别.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	伯晓晨	军事科学院军事医学研究院辐射医学研究所	8	7	1.0	2.0
2	陈河兵	军事科学院军事医学研究院辐射医学研究所	3	3	1.0	1.0
3	李宛莹	军事科学院军事医学研究院辐射医学研究所	2	3	1.0	1.0
4	李睿江	军事科学院军事医学研究院辐射医学研究所	2	3	1.0	1.0
5	江帅	军事科学院军事医学研究院辐射医学研究所	2	3	1.0	1.0
6	李昊	军事科学院军事医学研究院辐射医学研究所	7	5	1.0	2.0