日本鳗鲡离散SNP标记筛选及群体遗传多样性分析

• 作者: 于磊 刘炳舰 刘进贤
• 来源期刊: 中国海洋大学学报（自然科学版）
• 学科: 农学
• 关键词: 酶切位点相关DNA测序技术 日本鳗鲡 离散SNP标记 保护遗传学 遗传多样性
• 年，卷（期）: 2018,（4）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 37-47
• 页数: 11页
• 分类号: S931.3|Q346
• 字数: 5370字
• 语种: 中文
• DOI: 10.16441/j.cnki.hdxb.20170204

摘要

日本鳗鲡(Anguilla japonica)野生资源数量锐减,亟需对其开展群体遗传学和保护遗传学研究.单核苷酸多态性标记(SNP)是重要的遗传标记,然而在日本鳗鲡中还尚未有报道.本研究采用酶切位点相关DNA测序技术开发了日本鳗鲡的离散SNP标记,利用KASPar技术对辽宁丹东和福建三沙两个群体共61尾玻璃鳗样品进行SNP分型,验证所开发SNP标记的多态性.研究共得到38个多态性较高的离散SNP标记.在丹东群体中,这38个位点的观测杂合度(Ho)为0.000～0.407,期望杂合度(He)为0.033～0.484;在三沙群体中,这38个位点的观测杂合度(Ho)为0.032～0.500,期望杂合度(He)为0.032～0.494.这表明已处于濒危状态的日本鳗鲡依然具有较高的遗传多样性水平.丹东群体中的AJ_SNP_03位点和三沙群体中的AJ_SNP_25和AJ_SNP_35位点偏离哈温平衡,所有位点间均不存在连锁不平衡现象.丹东群体和三沙群体间的遗传距离FST值为-0.005(P=0.898),表明这两个群体间无显著的遗传分化,符合日本鳗鲡随机交配的属性.研究结果表明,本研究开发的SNP标记可以用于解析日本鳗鲡的群体遗传结构及探究其本地适应性,为其资源的保护提供基础资料.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	于磊	中国科学院海洋研究所海洋生态与环境科学重点实验室	39	484	10.0	21.0
7	刘炳舰	中国科学院海洋研究所海洋生态与环境科学重点实验室	4	38	4.0	4.0