甲基化芯片筛选结核感染相关基因及后续验证

• 作者: 周燕虹 周静 应斌武 张晶雅 王军 胡雪姣 陆小军 陈豪
• 来源期刊: 四川大学学报（医学版）
• 关键词: 结核分枝杆菌 DNA甲基化 甲基化芯片 焦磷酸测序技术 活动性结核病
• 年，卷（期）: 2018,（5）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 731-736,775
• 页数: 7页
• 字数: 3940字
• 语种: 中文

摘要

目的 筛选活动性结核患者DNA甲基化水平显著变化的基因并进行验证.方法 ①纳入年龄与性别匹配的9例活动性结核患者、3例潜伏性结核患者和3例健康对照,将人血中单个核细胞DNA与芯片杂交,比较结核组与健康组的甲基化差异基因,并对差异基因进行GO功能和Pathway功能分析,以及与表达芯片进行联合分析;②收集年龄与性别匹配的活动性结核与健康对照各60例,分别提取全血DNA,使用焦磷酸测序方法对甲基化芯片预测出的结核病相关基因(TLR1、TLR2、TLR4)进行甲基化程度检测.结果 ①活动性结核患者与健康对照对比,大部分呈现甲基化下调状态,GO分析和Pathway分析结果显示,甲基化差异基因的功能主要富集在白细胞分化、凋亡、自噬、细胞因子调节及炎症反应等与结核密切相关的生物过程中;②待验证的3个基因TLR1、TLR2、TLR4包含10个CpG位点,其中TLR1基因的CpG1位点(P＜0.001)呈现高甲基化状态,TLR4基因的CpG2位点(P=0.012)呈现低甲基化状态.结论 在结核分枝杆菌感染过程中存在基因组DNA的甲基化状态改变,以低甲基化变化为主.其中TLR1基因呈现高甲基化状态,TLR4呈现低甲基化状态,提示上述基因可能在结核病的发生发展过程中具有一定的作用.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	周静	四川大学华西医院实验医学科	142	1106	16.0	30.0
2	陆小军	四川大学华西医院实验医学科	36	141	7.0	10.0
3	王军	四川大学华西医院实验医学科	90	521	14.0	20.0
4	应斌武	四川大学华西医院实验医学科	71	160	6.0	9.0
5	陈豪	四川大学华西医院实验医学科	6	10	2.0	3.0
6	胡雪姣	四川大学华西医院实验医学科	7	5	1.0	2.0
7	张晶雅	四川大学华西医院实验医学科	3	5	1.0	2.0
8	周燕虹	四川大学华西医院实验医学科	4	5	2.0	2.0