结核感染相关差异基因的甲基化芯片筛选及验证

• 作者: 周汶静 巫丽娟 庄杰 应斌武 张晶雅 胡雪姣 辛兆丹 黄燕春
• 来源期刊: 四川大学学报（医学版）
• 关键词: 结核分枝杆菌 DNA甲基化 甲基化芯片 焦磷酸测序技术 活动性结核病
• 年，卷（期）: 2019,（2）
• 所属期刊栏目: 技术与方法
• 页码范围: 234-240
• 页数: 7页
• 语种: 中文

摘要

目的 应用甲基化芯片筛选活动性结核患者DNA甲基化水平显著变化的基因.方法 ①甲基化芯片筛选:纳入9例活动性结核患者、3例潜伏性结核患者和3例健康对照(年龄与性别均匹配),分别提取人全血单个核细胞DNA并进行亚硫酸盐转化,与Illumina HD 450K Infinium MehtylationBeadChip芯片杂交,比较3组间甲基化差异基因,进行聚类分析,检测甲基化差异片段(DMRs),对差异基因进行GO和KEGG pathway功能富集分析并与表达芯片进行联合分析,筛选结核感染相关差异基因,用于大样本验证.②大样本验证:收集活动性结核患者与健康对照各60例(年龄与性别均匹配),分别提取人全血DNA并进行亚硫酸盐转化,使用焦磷酸测序方法对甲基化芯片预测出的结核病相关基因(IFNGR2、PTPN6、CRK1、ATP6V0B、WIF1、DKK1和SFRP1)进行甲基化程度检测;RT-PCR方法进行上述基因mRNA表达检测.结果 活动性结核患者与健康对照相比,呈现低甲基化改变的片段占绝大部分,大部分的DMRs位于基因主体区域,其次为转录起始位点上游区域,DMRs分布最少的区域为3'UTR区.GO与Pathway功能富集结果显示,甲基化差异基因的功能主要富集在白细胞分化、凋亡、细胞因子调节及炎症反应等与结核病密切相关的生物过程中.待后续验证的7个结核病相关甲基化差异基因IFNGR2、PTPN6、CRK-1、ATP 6V0B、WIF1、DKK1和SFRP1包含32个CpG位点,其中,16个CpG位点显示出统计学差异(P＜0.05),分布于6个基因:PTPN6、WIF1、CRK1、SFRP1、DKK1、IFNGR2.发生高甲基化的基因为PTPN6,发生低甲基化的基因为WIF1、CRK1、SFRP1、DKK1、IFNGR2.SFRP1和CRK-1基因mRNA表达在活动性结核患者中显著升高.结论 在结核感染过程中存在基因组DNA的甲基化状态改变,且以低甲基化变化为主.SFRP1基因和CRK-1基因mRNA在结核组中表达上调.SFRP1和CRK-1在结核病发病过程中的作用不可忽视.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	庄杰	四川大学华西医院实验医学科	15	37	3.0	6.0
2	应斌武	四川大学华西医院实验医学科	71	160	6.0	9.0
3	巫丽娟	四川大学华西医院实验医学科	19	26	4.0	4.0
4	胡雪姣	四川大学华西医院实验医学科	7	5	1.0	2.0
5	黄燕春	四川大学华西医院实验医学科	6	14	3.0	3.0
6	辛兆丹	四川大学华西医院实验医学科	1	0	0.0	0.0
7	周汶静	四川大学华西医院实验医学科	8	21	2.0	4.0
8	张晶雅	四川大学华西医院实验医学科	3	5	1.0	2.0