库尔勒香梨kfpSPL及其启动子克隆分析

• 作者: 牛建新 王玉凯 赵欢
• 来源期刊: 新疆农业科学
• 学科: 农学
• 关键词: 库尔勒香梨 SPL基因 启动子 调控元件 生物信息学分析
• 年，卷（期）: 2018,（6）
• 页码范围: 1017-1026
• 页数: 10页
• 分类号: S661.2|S188
• 字数: 6230字
• 语种: 中文
• DOI: 10.6048/j.issn.1001-4330.2018.06.005

摘要

[目的]研究库尔勒香梨萼片脱落、宿存与kfpSPL基因之间存在的关系,并克隆该基因及其启动子.[方法]以库尔勒香梨花器官作为材料,库尔勒香梨kfpSPL基因的cDNA序列以及梨基因组信息为模板设计引物,通过PCR获得该基因及其启动子,进行上游调控序列顺式作用元件的预测分析(PLACE数据库和PlantCare数据库).[结果]克隆获得kfpSPL基因的基因组DNA序列长度为3 320 bp和2 332 bp的上游启动子调控序列,kfpSPL基因的基因组DNA与Pyrus bretschneideri数据库中的一段长度相同的序列具有99％的同源性,E值为0,并发现该基因有三段内含子,将克隆得到的启动子序列在梨全基因组序列数据库中进行相似性搜索,发现克隆得到的上游启动子序列的1～796 nt和1 042～2332 nt分别与scaffold291.0中290 783～289 988 nt和289 990～ 288 701 nt的同源性为96％和97％,E值均为0.以生物信息学分析为依据,kfpSPL启动子序列中存在一些相关的调控元件,赤霉素响应元件GARE-motif、P-box,光响应中的顺式作用元件ACE、Box Ⅱ、CATT-motif、G-box、TCT-motif、Box4,防御和应激反应中的顺式作用元件TC-rich repeats,启动子和增强子区的共同顺式作用元件CAAT-box等,转录起始的核心启动子元件TATA-box等.[结论]kfpSPL基因启动子序列中存在与赤霉素、脱落酸、水杨酸等激素相关的顺式作用元件,不同生长调节剂处理脱萼果和宿萼果的花器官可以调控kfpSPL基因的表达水平.