基于NCBI基因表达综合数据库筛查胃癌关键基因和信号通路的分析

• 作者: 张鹏 汪婷婷 沈立松 罗琴 袁向亮
• 来源期刊: 检验医学
• 学科: 医学
• 关键词: 基因表达综合数据库 生物信息学分析 信号通路 胃癌
• 年，卷（期）: 2018,（3）
• 所属期刊栏目: 基础研究?论著
• 页码范围: 242-247
• 页数: 6页
• 分类号: R446.1
• 字数: 4999字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1673-8640.2018.03.013

摘要

目的 利用生物信息学方法筛选胃癌相关的关键基因以及参与的信号通路,初步探索胃癌发生、发展的相关指标.方法 以美国国立生物技术信息中心(NCBI)基因表达综合数据库(GEO)的胃癌相关芯片数据,利用GEO2R分析平台筛选出胃癌组织和对照组织表达有显著差异的基因.对这些差异基因进行基因本体(GO)生物过程分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析.利用卡普兰—迈尔—绘图仪(KM-Plotter)分析关键基因对胃癌患者生存时间的影响.结果 在3个胃癌数据集中共筛选出1480个差异基因,其中上调基因879个,下调基因601个.对表达有差异的基因进行信号通路和生物功能分析,鉴定发现主要集中于细胞色素P450家族、葡萄糖醛酸转移酶家族等基因簇.进一步分析这些关键基因,新发现ALDH3A1、NEUROD1等基因与胃癌的发生、发展密切相关.根据这些关键基因表达水平的高低对胃癌患者进行分组,2个组患者生存时间差异有统计学意义(P<0.05).结论 建立的整合基因组学分析方法筛选出了新的胃癌发生、发展关键基因,该方法为胃癌研究提供了有价值的信息,为进一步的功能研究提供了依据.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	张鹏	上海交通大学医学院附属新华医院检验科	178	1276	19.0	27.0
2	沈立松	上海交通大学医学院附属新华医院检验科	102	463	11.0	14.0
3	袁向亮	上海交通大学医学院附属新华医院检验科	33	129	6.0	9.0
4	罗琴	上海交通大学医学院附属新华医院检验科	7	59	4.0	7.0
5	汪婷婷	上海交通大学医学院附属新华医院检验科	3	5	1.0	2.0