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基于优化k-mer频率的宏基因组聚类方法
基于优化k-mer频率的宏基因组聚类方法
作者:
侯涛
兰旭腾
刘云
刘富
康冰
林彩霞
基本信息来源于合作网站,原文需代理用户跳转至来源网站获取
计算机应用
模式识别与智能系统
k-mer
非负矩阵分解
模糊C均值
宏基因组
摘要:
k-mer频率是进行宏基因组分类时的一种重要的数字特征,然而该特征的维数随参数k的增加呈指数增长,利用该特征进行宏基因组分类易陷入“维数灾难”.为解决此问题,本文提出了一种基于优化k-mer频率的宏基因组DNA序列聚类方法.首先,提取DNA序列的k-mer频率特征;其次,使用非负矩阵分解算法对DNA序列的k-mer频率特征进行优化;最后,利用模糊C均值算法进行聚类.将本文方法在包含有不同物种个数的模拟宏基因组数据上运行的结果表明,其能有效地克服现有宏基因组数据分类方法计算量大的缺点,且分类性能优于同类算法.
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基于k-mer组分信息的系统发生树构建方法
系统发生树
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内容分析
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文献信息
篇名
基于优化k-mer频率的宏基因组聚类方法
来源期刊
吉林大学学报(工学版)
学科
工学
关键词
计算机应用
模式识别与智能系统
k-mer
非负矩阵分解
模糊C均值
宏基因组
年,卷(期)
2018,(5)
所属期刊栏目
研究方向
页码范围
1593-1599
页数
7页
分类号
TP391
字数
语种
中文
DOI
10.13229/j.cnki.jdxbgxb20170668
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k-mer
非负矩阵分解
模糊C均值
宏基因组
研究起点
研究来源
研究分支
研究去脉
引文网络交叉学科
相关学者/机构
期刊影响力
吉林大学学报(工学版)
主办单位:
吉林大学
出版周期:
双月刊
ISSN:
1671-5497
CN:
22-1341/T
开本:
大16开
出版地:
长春市人民大街5988号
邮发代号:
12-46
创刊时间:
1957
语种:
chi
出版文献量(篇)
4941
总下载数(次)
5
总被引数(次)
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