串联重复序列在高粱基因组中的特征及分布

• 作者: 李春鑫 李雨娇 赵志新
• 来源期刊: 河南农业科学
• 学科: 农学
• 关键词: 高粱 基因组 串联重复序列 密度 分布
• 年，卷（期）: 2018,（7）
• 所属期刊栏目: 作物栽培·遗传育种
• 页码范围: 33-42
• 页数: 10页
• 分类号: S514
• 字数: 6152字
• 语种: 中文
• DOI: 10.15933/j.cnki.1004-3268.2018.07.005

摘要

以高粱全基因组及基因中不同结构区域为研究对象,从Phytozome数据库中下载高粱基因组数据及基因注解数据,利用重复序列分析工具(Phobos v3.3.12),检测串联重复序列在不同区域的密度变化、模体类型及其在基因内与基因间的位置分布情况.结果表明,在高粱基因组中5′UTR、UI200、UI500中重复序列密度较高,分别为25655 bp/Mb、16761 bp/Mb、10718 bp/Mb,其余区域密度差别不大,约为6000 bp/Mb.在基因内及基因间区域中,重复序列模体主要为二碱基和三碱基重复,占到总密度的30％ 以上;特别在基因编码区(CDS),重复序列模体主要为3的倍数(如三碱基、六碱基等).并且串联重复序列在基因组中并非随机分布,在基因间隔区,串联重复序列的分布明显靠近基因,这样的分布特征可能与其基因转录调控有关;在内含子(Intron)区域,更多的重复序列分布偏向于内含子两端,这可能与内含子剪切有关.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	赵志新	商洛学院生物医药与食品工程学院	16	11	2.0	2.0
2	李春鑫	河南省农业科学院小麦研究所分子育种研究室	3	48	2.0	3.0
3	李雨娇	商洛学院生物医药与食品工程学院	1	2	1.0	1.0