利用可变窗口FST方法检测不同尾型呼伦贝尔羊尾部脂肪沉积相关基因

• 作者: 刘家鑫 张统雨 朱才业 杜立新 樊红樱 王立贤 赵福平 邓天宇
• 来源期刊: 畜牧兽医学报
• 学科: 农学
• 关键词: 群体分化指数 可变窗口 呼伦贝尔羊 尾型 脂肪沉积
• 年，卷（期）: 2018,（7）
• 所属期刊栏目: 遗传育种
• 页码范围: 1354-1365
• 页数: 12页
• 分类号: S826.2
• 字数: 6013字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11843/j.issn.0366-6964.2018.07.004

摘要

旨在挖掘控制绵羊尾型的候选基因,揭示绵羊尾部脂肪沉积机理.本研究利用呼伦贝尔羊两个不同尾型品系的288个个体,其中大尾羊142只和小尾羊146只,基于Illumina Ovine SNP 600K SNP芯片数据计算全基因组单点FST值.通过三次光滑样条估计方法确定可变窗口大小和数量,构建W统计量并进行统计检验,鉴定选择区段和注释相关基因.结果,在基因组范围内共确定了23 144个可变窗口,其中区间最大的窗口位于chr12:35 241 750～43 798 950 bp处,其大小为8.56 Mb,并包含775个SNPs.经检测发现,27个窗口达到极显著水平(P＜0.001),并鉴定了337个候选基因,其中22个是与已发现的脂肪代谢相关的基因.通过GO分析发现,这些候选基因主要富集在细胞内组成成分、有机氮化合物代谢过程以及小分子代谢过程等条目.通过可变窗口FST法能够有效检测到受选择的基因与绵羊尾部脂肪沉积相关.这些基因可以作为绵羊尾型选育的候选基因,为培育短尾绵羊提供重要依据.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	王立贤	中国农业科学院北京畜牧兽医研究所	90	755	17.0	24.0
2	杜立新	中国农业科学院北京畜牧兽医研究所	110	1652	21.0	37.0
3	张统雨	中国农业科学院北京畜牧兽医研究所	2	8	2.0	2.0
4	樊红樱	中国农业科学院北京畜牧兽医研究所	1	2	1.0	1.0
5	朱才业	中国农业科学院北京畜牧兽医研究所	3	19	2.0	3.0
6	刘家鑫	中国农业科学院北京畜牧兽医研究所	1	2	1.0	1.0
7	邓天宇	中国农业科学院北京畜牧兽医研究所	1	2	1.0	1.0