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南方农业学报期刊
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大麦黄矮病毒的生物信息学分析
大麦黄矮病毒的生物信息学分析
作者:
刘林德
刘艳莉
柏新富
王艳芳
赵彦宏
原文服务方:
南方农业学报
大麦黄矮病毒
株系
基因组序列
多序列比对
分子变异
亲缘关系
密码子偏好性
摘要:
[目的]分析大麦黄矮病毒(BYDV)株系的生物学信息,为深入研究BYDV各株系的遗传特性及防治提供参考.[方法]从NCBI数据库搜索BYDV的全基因组序列,利用DNASTAR 7.1对其进行序列比对分析,并以MEGA 7.0构建BYDV系统发育进化树.用CodonW分析BYDV的密码子使用偏好性;运用NCBI中的E-Utilities工具搜索BYDV各株系的基因及蛋白,采用SWISS-MODEL预测BYDV蛋白的三级结构.[结果]BYDV各株系碱基序列相似性存在明显差异,其中PAV株系组内核苷酸序列最低相似性最低,仅为77.9%,表明该株系全基因组序列变异较多.PAV、Ker-II、GAV和RPV株系存在碱基突变,均以C—T碱基突变数目最多,且碱基变异倾向于碱基转换.BYDV各株系分为五大分支,其中分离地相近的株系或同一株系BYDV间亲缘关系较近,来自法国克尔格伦群岛的Ker-II株系与PAV株系亲缘关系较近,来自美国的MAV株系与来自我国的GAV株系亲缘关系较近,来自我国的GPV株系(NC-012931)与美国的RPV、RMV和RPS株系亲缘关系较近.BYDV密码子使用无明显的偏好性.PAS、MAV和GAV株系的基因组中均包含7个基因,而PAV株系基因组包含8个基因.在BYDV各株系gp1~gp4蛋白中,gp4蛋白的三级结构保守性最强,而gp1蛋白的空间结构发生一定变异,正是不同BYDV株系的传播媒介及对寄主植物侵染能力存在差异的原因.[结论]BYDV各株系普遍发生分子变异,但变异程度不同,以PAV株系变异程度最大;推测GPV和RMV株系隶属于马铃薯卷叶病毒属.
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篇名
大麦黄矮病毒的生物信息学分析
来源期刊
南方农业学报
学科
关键词
大麦黄矮病毒
株系
基因组序列
多序列比对
分子变异
亲缘关系
密码子偏好性
年,卷(期)
2018,(9)
所属期刊栏目
植物保护·农业气象
研究方向
页码范围
1760-1767
页数
8页
分类号
S435.123
字数
语种
中文
DOI
10.3969/j.issn.2095-1191.2018.09.11
五维指标
作者信息
序号
姓名
单位
发文数
被引次数
H指数
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1
赵彦宏
鲁东大学生命科学学院
32
336
9.0
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2
刘林德
鲁东大学生命科学学院
94
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王艳芳
鲁东大学生命科学学院
17
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柏新富
鲁东大学生命科学学院
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刘艳莉
鲁东大学生命科学学院
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版权信息
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二级引证文献(0)
2019(2)
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二级引证文献(1)
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节点文献
大麦黄矮病毒
株系
基因组序列
多序列比对
分子变异
亲缘关系
密码子偏好性
研究起点
研究来源
研究分支
研究去脉
引文网络交叉学科
相关学者/机构
期刊影响力
南方农业学报
主办单位:
广西壮族自治区农业科学院
出版周期:
月刊
ISSN:
2095-1191
CN:
45-1381/S
开本:
大16开
出版地:
邮发代号:
创刊时间:
1964-01-01
语种:
chi
出版文献量(篇)
7029
总下载数(次)
0
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