玉米SLAF标记的开发及其在玉米果皮纤维素含量BSA分析中的应用

• 作者: 杜龙岗 王美兴
• 来源期刊: 中国农业科学
• 关键词: 玉米 果皮 纤维素 SLAF测序 BSA分析
• 年，卷（期）: 2018,（8）
• 所属期刊栏目: 作物遗传育种·种质资源·分子遗传学
• 页码范围: 1421-1430
• 页数: 10页
• 语种: 中文
• DOI: 10.3864/j.issn.0578-1752.2018.08.001

摘要

[目的]降低果皮纤维素是甜玉米品质改良的重要目标,然而玉米果皮纤维素含量调控的研究甚少,相关调控基因尚未定位.利用纤维素含量差异的重组自交系(RILs)群体,通过特异位点扩增片段(specific-locus amplified fragment-sequencing,SLAF)测序和分离混池分析(bulked segregant analysis,BSA)定位控制玉米果皮纤维素含量的染色体区段,鉴定调控玉米果皮纤维素含量的候选基因.[方法]以果皮纤维素含量显著差异的E327和G5-1为亲本,构建重组自交系(RILs).对RILs群体进行果皮纤维素含量的测定,并根据纤维素含量的结果选择纤维素含量高、低的样本进行混池,用于SLAF标签的鉴定和BSA分析.在BSA分析中,首先对两混池和2个亲本DNA用HaeⅢ和Hpy166Ⅱ进行酶切,回收414—464 bp的酶切片段进行Illumina建库,并进行SLAF测序,然后根据多态性SLAF标签开发SNP标记,利用SNP标记对玉米果皮纤维素含量进行关联分析,鉴定调控甜玉米果皮纤维素含量的染色体区段.分析这些区段所包含的玉米基因,并找到它们对应的拟南芥同源基因,通过查阅拟南芥相关基因功能研究的文献,进一步鉴定控制玉米果皮纤维素含量的候选基因.[结果]两亲本和2个混池SLAF建库测序得到的SLAF符合预期,基于SLAF测序数据,鉴定了73786个多态性SLAF标签,这些SLAF标签均匀分布在玉米的10条染色体上.在这些多态性标签中得到了523395 SNP位点信息.通过关联分析,调控果皮纤维素变异的基因被定位到玉米基因组的6个染色区段,都位于玉米的第5染色体上.在这些区段上,一共有47个玉米基因.通过进一步的研究分析,在这些关联的染色体区段最终确定了9个候选基因.[结论]定位到调控玉米果皮纤维素的含量的基因,表明此方法可以用于基因定位.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	王美兴	浙江省农业科学院作物与核技术利用研究所	15	57	5.0	7.0
2	杜龙岗	浙江省农业科学院作物与核技术利用研究所	24	53	4.0	6.0