黔北麻羊FTO基因SNPs筛选及其生物信息学分析

• 作者: 封竣琪 徐伟 罗卫星 罗铮 翁吉梅 蔡惠芬 陈说
• 来源期刊: 中国畜牧杂志
• 学科: 农学
• 关键词: 黔北麻羊 FTO基因 生物信息学 SNPs
• 年，卷（期）: 2018,（9）
• 所属期刊栏目: 遗传育种
• 页码范围: 39-45
• 页数: 7页
• 分类号: S826.2
• 字数: 5363字
• 语种: 中文
• DOI: 10.19556/j.0258-7033.2018-09-039

摘要

筛选150只黔北麻羊(0.5岁、1岁、1.5岁各50只)FTO基因的SNPs,为进一步开展FTO基因多态性与山羊肉质性状相关性研究提供参考.通过构建DNA混合池结合PCR产物直接测序技术,对黔北麻羊FTO基因外显子区域进行多态性分析,采用生物信息学软件对PCR扩增所获序列进行mRNA二级结构分析及对SNPs突变位点峰高进行等位基因频率估算,并应用相应软件对FTO基因编码的蛋白质结构、理化性质、信号肽、跨膜结构、亚细胞定位等结构进行生物信息学分析.在FTO基因外显子区域共筛选出8个SNPs,分别为Exon2-C 139T、Exon3-A242G、Exon3-T282A、Exon3-C339T、Exon3-G387T、Exon3-T399C、Exon9-C1615G、Exon9-G1718A.分析表明,Exon3-A242G、Exon3-T282A、Exon3-C339T、Exon3-G387T、Exon3-T399C位点的突变在CDS区内,其中Exon3-A242G (Gin-His)、Exon3-G387T引起mRNA二级结构的改变,Exon3-C339T、Exon3-G387T突变导致其mRNA二级结构最小自由能增大,即二级结构稳定性降低.对FTO基因序列进行生物信息学分析,得出FTO是一种非分泌型的亲水性蛋白,不存在跨膜区域,发挥生物学作用的主要场所是细胞质,有7个Ser位点,5个Thr位点,5个Tyr位点,二级结构中α螺旋结构数量最多.