不同羽色鸡种ASIP基因SNP位点筛选及其生物信息学分析

• 作者: 张福平 李洪林 李辉 林家栋 牟腾慧 祖盘玉 简华锋 饶永超 龙广丽
• 来源期刊: 南方农业学报
• 关键词: 鸡 羽色 刺豚鼠信号蛋白基因(ASIP) SNP位点 生物信息学
• 年，卷（期）: 2020,（8）
• 所属期刊栏目: 专题:鸡
• 页码范围: 1823-1831
• 页数: 9页
• 分类号: S831.89
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.2095-1191.2020.08.005

摘要

[目的]揭示刺豚鼠信号蛋白基因(ASIP)SNP位点突变与不同鸡种羽色差异形成机制的关联性,筛选出与鸡种羽色相关的辅助育种分子标记.[方法]参考NCBI已公布的红色原鸡ASIP基因序列(登录号NC_006107.5),运用Primer Premier 5.0设计特异性引物,以罗曼蛋鸡、泰和乌骨鸡、兴义矮脚鸡白羽系、赤水乌骨鸡、贵州黄鸡和瑶山鸡为研究对象,通过DNA混合池及PCR直接测序法筛选不同羽色鸡种ASIP基因SNP位点;估算各SNP位点等位基因频率后,使用RNAfold、NetPhos 2.0、NetOGlyc 4.0、SOPMA和SWISS-MODEL等在线软件进行生物信息学分析,探究不同羽色鸡种ASIP基因SNP位点突变对基因mRNA二级结构、ASIP蛋白翻译后修饰位点及其二、三级结构的影响.[结果]从6个鸡种ASIP基因中检测到7个SNPs位点,分别为Exon-2-G17C、Exon-2-T168C、Exon-2-C3032T、Exon-2-T3203G、Exon-2-G3287A、Exon-2-G3313T和Exon-2-C3350T.其中,Exon-2-T3203G只出现在罗曼蛋鸡上,Exon-2-G3287A只出现在瑶山鸡上.Exon-2-T168C只出现在贵州黄鸡和兴义矮脚鸡白羽系且位于编码区,该位点突变导致编码氨基酸改变[苏氨酸(Thr)→甲硫氨酸(Met)],且能导致ASIP基因mRNA二级结构改变,最小自由能增加,稳定性降低.Exon-2-T168C位点突变还导致ASIP蛋白激酶磷酸化位点数量和位置发生改变,但糖基化位点未发生改变;Exon-2-T168C位点突变后ASIP蛋白二级结构中α-螺旋、β-转角和延伸链的占比增加,而无规则卷曲占比降低,且蛋白三级结构预测结果与二级结构预测结果一致.[结论]在贵州黄鸡和兴义矮脚鸡白羽系ASIP基因上检测到Exon-2-T168C位点,且该位点突变能引起ASIP基因mRNA二级结构、蛋白激酶磷酸化位点数量和位置及ASIP蛋白二、三级结构均发生改变,但并不是影响贵州黄鸡和兴义矮脚鸡白羽系羽色差异的内在机制.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	简华锋		1	0	0.0	0.0
2	祖盘玉		1	0	0.0	0.0
3	李洪林		1	0	0.0	0.0
4	牟腾慧		1	0	0.0	0.0
5	龙广丽		1	0	0.0	0.0
6	饶永超		1	0	0.0	0.0
7	林家栋		1	0	0.0	0.0
8	李辉		1	0	0.0	0.0
9	张福平		1	0	0.0	0.0