基于Cytoscape的miRNA调控网络的构建与研究

• 作者: 刘文艳 姚红串 李冬果 杜菁 杨淼 杨秋英
• 来源期刊: 中国医学装备
• 学科: 医学
• 关键词: 微小核糖核酸 调控网络 Cytoscape软件 基因本体(GO)分析 KEGG通路
• 年，卷（期）: 2018,（10）
• 所属期刊栏目: 数字医学
• 页码范围: 95-97
• 页数: 3页
• 分类号: R-058
• 字数: 2305字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/J.ISSN.1672-8270.2018.10.027

摘要

目的:建立乳腺癌生物标志物微小核糖核酸(miRNA)预测靶基因的调控网络,对靶基因进行基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)数据库通路分析.从生物信息角度,为乳腺癌的治疗提供一定的理论指导.方法:从已发表文献获取乳腺癌的生物标志物miRNA,借助5个预测工具预测出miRNA靶点.使用Cytoscape分析软件建立miRNA的预测靶基因调控网络,分别使用生物网络基因本体论工具(BiNGO)插件和miRWalk数据库对调控的靶基因进行GO富集分析和KEGG通路分析.结果:构建一个包含801个节点、791个靶点及1062对调控关系的乳腺癌生物标志物miRNA的预测靶基因调控网络,GO分析靶基因在生物学过程中显著富集.KEGG通路分析中,得到85个富集的信号通路,以及7个与乳腺癌有关的信号通路.结论:从生物信息学角度,通过分析miRNA靶基因的GO富集和KEGG信号通路,为靶基因的生物学功能研究提供理论指导,有助于为乳腺癌治疗提供可靠靶点.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	杨淼	首都医科大学生物医学工程学院	17	162	5.0	12.0
2	李冬果	首都医科大学生物医学工程学院	37	139	5.0	11.0
3	刘文艳	首都医科大学生物医学工程学院	32	166	6.0	11.0
4	杜菁	首都医科大学生物医学工程学院	25	107	6.0	8.0
5	姚红串	北京科技大学计算机与通信工程学院实验中心	4	15	2.0	3.0
6	杨秋英	首都医科大学生物医学工程学院	11	20	3.0	4.0