小鼠舌癌模型差异基因的筛选及生物信息学分析

• 作者: 万晓文 何露露 武媛 王伟 蒋琳 邵益森
• 来源期刊: 临床医药实践
• 学科: 医学
• 关键词: 生物信息学分析 差异表达基因 舌癌
• 年，卷（期）: 2019,（1）
• 所属期刊栏目: 基础医学
• 页码范围: 31-36
• 页数: 6页
• 分类号: R782.2
• 字数: 3140字
• 语种: 中文

摘要

目的:对小鼠舌癌模型差异表达基因进行筛选及基因功能分析,为舌癌发病机制相关的分子标志物及药物靶点提供理论基础.方法:从高通量基因表达(GEO)数据库中选取GSE64271和GSE75421数据包,获取其中小鼠舌癌模型的芯片数据,分为舌癌组和非舌癌组,利用R语言的limma包分析筛选差异基因.利用DAVID和STRING数据库对差异表达基因进行基因本体论(GO)及京都基因与基因组百科全书(KEGG)基因功能分析、蛋白相互作用分析.结果:对差异基因筛选后,将两个数据集的数据取交集后最终得到303个基因,其中31个基因上调与细胞周期(Cell Cycle)和卵母细胞分裂有关,说明在肿瘤发生发展的过程中,通过上调这些基因促进肿瘤增殖.而其余基因的KEGG分析结果则表明这些基因与代谢过程密切相关.通过蛋白互作网络(PPI)筛选出cross-talk基因:整合素a1(Itga1)和整合素a6(Itga6).结论:筛选出的差异基因可能在舌癌的分子层面发挥了重要的作用,为舌癌发生、发展的机制、肿瘤标志物的筛选等提供了理论依据.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	万晓文		20	74	5.0	8.0
2	何露露		3	2	1.0	1.0
3	邵益森		8	14	2.0	3.0
4	武媛		10	47	2.0	6.0
5	王伟		7	9	1.0	3.0
6	蒋琳		3	0	0.0	0.0