基于生物信息学方法识别肾透明细胞癌发病机制相关基因

• 作者: 李海波 李长福 潘宏鑫 陈述
• 来源期刊: 哈尔滨医科大学学报
• 学科: 医学
• 关键词: ccRCC DEGs 模块挖掘 功能富集
• 年，卷（期）: 2019,（5）
• 所属期刊栏目: 基础研究
• 页码范围: 485-488
• 页数: 4页
• 分类号: R776.1
• 字数: 2301字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1000-1905.2019.05.008

摘要

目的 识别引起肾透明细胞癌(renal clear cell carcinoma,ccRCC)发病的关键基因和其生物学过程.方法 分别从GEO和TCGA数据库中下载相关数据,应用R软件中的limma和EdgeR包筛选出在癌症样本和正样本中差异表达的基因(differentially expressed genes,DEGs).然后,利用STRING数据库构建蛋白质互作(protein-protein interaction,PPI)网络,并基于网络进行模块挖掘和功能注释.结果 共筛选出4 667个DEGs,构建了包含519个DEGs(节点),2 394对互作(边)的PPI网络.挖掘到的得分最高的三个模块注释到了G蛋白偶联受体信号通路、信号转导、防御反应、炎症应答、细胞迁移调控、细胞增殖与分化和神经活性配体-受体相互作用等在ccRCC的发展中有重要作用的生物学过程中.识别出与ccRCC发生发展密切相关的关键基因CA9、CDKN2A、MET、HLA-C、VEGFA、LDHA和TERT等.结论 本研究筛选出的几个关键基因和功能通路可能在ccRCC的发展中起关键作用.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	李长福	哈尔滨医科大学附属第三医院泌尿外科	22	47	3.0	6.0
2	李海波	哈尔滨医科大学附属第三医院泌尿外科	35	161	6.0	12.0
3	潘宏鑫	哈尔滨医科大学附属第三医院泌尿外科	1	0	0.0	0.0
4	陈述	哈尔滨医科大学附属第三医院泌尿外科	2	0	0.0	0.0