基于高通量测序的棉花InDel标记开发及其应用

• 作者: 沈奇 王显生 赵涵 陆海燕 陈璐
• 来源期刊: 棉花学报
• 关键词: 棉花 重测序 InDel标记 品种鉴定
• 年，卷（期）: 2019,（4）
• 所属期刊栏目: 研究与进展
• 页码范围: 297-306
• 页数: 10页
• 字数: 4655字
• 语种: 中文

摘要

[目的]获得可以用于棉花品种鉴定和纯度检测的二态性InDel标记,提高棉花种子的检验精确度和效率,为棉花的分子育种发挥作用.[方法]基于来源不同的121份棉花全基因组信息,根据高多态性信息含量筛选多态性高的InDel位点,开发二态性InDel标记,并在我国66个棉花品种的遗传距离分析和聚类分析中进行应用.[结果]基于121份棉花的二代测序数据获得10 967个InDel位点,合成了85对InDel引物,选择其中有效引物64对,其中At亚组的特异引物35对、Dt亚组特异引物29对,At、Dt亚组染色体的平均最小等位频率分别为0.45、0.32,多态信息含量分别为0.49、0.40;所用的66个棉花品种的遗传距离范围是0.04～0.65cM(厘摩),平均为0.39 cM,遗传距离最大的2个品种是泗棉3号和中棉所36,遗传距离最小的是徐棉18和徐杂3号.[结论]开发的64个棉花二态性InDel标记能有效地通过揭示品种间的遗传距离反映品种之间的亲缘关系,区分来源不同的棉花品种,具有一定的理论意义和应用价值.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	陈璐		2	5	1.0	2.0