毛竹Phyllostachys edulis retrotransposon 7(PHRE7)转座子的克隆与鉴定

• 作者: 周明兵 季航 徐芷馨 蒋政勤 郑浩
• 来源期刊: 浙江农林大学学报
• 关键词: 植物学 毛竹 LTR反转录转座子 生物信息学 逆境胁迫 转录活性
• 年，卷（期）: 2019,（5）
• 页码范围: 917-927
• 页数: 11页
• 分类号: S718.3|S795.72
• 语种: 中文
• DOI: 10.11833/j.issn.2095-0756.2019.05.010

摘要

长末端重复序列(LTR)反转录转座子广泛存在于植物基因组中,本质是一段可移动的脱氧核糖核酸(DNA)序列.大多数LTR反转录转座子在外界环境变化下能够被激活转录,对环境变化做出响应.为研究毛竹基因组中的LTR反转录转座子的转录活性及在非生物环境胁迫下表达量的具体变化,克隆和鉴定了1个毛竹Phyllostachys edulis反转录转座子PHRE7.该转座子全长为6073 bp,属于Ty1-copia家族中的Tork分支,LTR序列相似性为96.7％,插入时间为126.923万a前.对毛竹实生苗分别进行辐照(30,50,70 Gy),甲基化抑制剂(50,100,150μmol·L-1),高温(42℃),低温(4℃),高盐(0.1,0.2,0.3 mol·L-1)等5种不同胁迫处理,通过定量荧光聚合酶链式反应(PCR)检测,PHRE7在INT,RT和RH等3个结构域中的表达量仅在辐照及0.2～0.3 mol·L-1高盐处理下随处理强度的上升而下降,其余所有处理(甲基化抑制剂、 高温、 低温、 高盐0.1～0.2 mol·L-1)的表达量都随处理强度呈上升趋势.这些结果表明:PHRE7转座子是一个具有转录活性的LTR反转录转座子,且外界非生物环境胁迫对其表达模式有较大影响,表明PHRE7转座子能够响应外界环境变化.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	周明兵	浙江农林大学省部共建亚热带森林培育国家重点实验室	14	19	3.0	3.0
5	郑浩	浙江农林大学省部共建亚热带森林培育国家重点实验室	6	3	1.0	1.0
6	季航	浙江农林大学省部共建亚热带森林培育国家重点实验室	3	1	1.0	1.0
7	蒋政勤	浙江农林大学省部共建亚热带森林培育国家重点实验室	3	1	1.0	1.0
8	徐芷馨	浙江农林大学省部共建亚热带森林培育国家重点实验室	3	1	1.0	1.0