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基于PU-learning的磷酸激酶预测算法
基于PU-learning的磷酸激酶预测算法
作者:
张进
彭智才
王明举
王艺琪
谢多双
魏森
基本信息来源于合作网站,原文需代理用户跳转至来源网站获取
蛋白质磷酸化
生物信息
半监督学习
PU?learning
磷酸激酶预测
摘要:
目的 蛋白质磷酸化是通过激酶催化特定位点把磷酸基转移到底物蛋白质氨基酸残基的过程,是研究蛋白质活力及功能的重要机制.目前已鉴定的数千个磷酸化位点大多缺失激酶信息,为此本研究提出基于PU?learning的磷酸激酶预测算法,通过迭代标记磷酸位点,可以准确预测催化磷酸肽的磷酸激酶.方法 首先该算法以PU?learning为框架,利用最大熵方差对不同种类的磷酸激酶自动筛选最佳阈值,从而提取每条磷酸肽上潜在的磷酸化位点,然后根据统计分析确定磷酸化位点对应的激酶,最后通过五折交叉验证该算法在Phospho.ELM数据库上的预测性能,并与现有算法对比.结果 该算法的交叉验证特异性和灵敏度比现有最好算法在单个数据集上最高提高4%及10%,其预测Phospho.ELM中数据准确度达到79.52%.结论 基于PU?learning的磷酸激酶预测算法显著优于现有算法,且可以准确预测Phospho.ELM数据库中未知激酶信息的磷酸肽,在磷酸化实验中具有较强的指导意义.
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文献信息
篇名
基于PU-learning的磷酸激酶预测算法
来源期刊
北京生物医学工程
学科
医学
关键词
蛋白质磷酸化
生物信息
半监督学习
PU?learning
磷酸激酶预测
年,卷(期)
2019,(4)
所属期刊栏目
论著
研究方向
页码范围
360-368
页数
9页
分类号
R318
字数
6113字
语种
中文
DOI
10.3969/j.issn.1002-3208.2019.04.005
五维指标
作者信息
序号
姓名
单位
发文数
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王明举
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王艺琪
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张进
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彭智才
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魏森
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蛋白质磷酸化
生物信息
半监督学习
PU?learning
磷酸激酶预测
研究起点
研究来源
研究分支
研究去脉
引文网络交叉学科
相关学者/机构
期刊影响力
北京生物医学工程
主办单位:
北京市心肺血管疾病研究所
出版周期:
双月刊
ISSN:
1002-3208
CN:
11-2261/R
开本:
16开
出版地:
北京安定门外安贞医院
邮发代号:
创刊时间:
1981
语种:
chi
出版文献量(篇)
2829
总下载数(次)
13
相关基金
湖北省自然科学基金
英文译名:
Natural Science Foundation of Hubei Province
官方网址:
http://www.shiyanhospital.com/my/art/viewarticle.asp?id=79
项目类型:
重点项目
学科类型:
期刊文献
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