基于生物信息学方法探讨Her-2基因表达对胃癌免疫细胞浸润的影响

• 作者: 张静 游路宽 胡毅
• 来源期刊: 中国癌症防治杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 胃癌 人类表皮生长因子受体2 肿瘤免疫细胞浸润 分子机制 生物信息学
• 年，卷（期）: 2019,（6）
• 所属期刊栏目: 肿瘤生物信息学专栏
• 页码范围: 454-460
• 页数: 7页
• 分类号: R735.2
• 字数: 3716字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1674-5671.2019.06.02

摘要

目的 探讨人类表皮生长因子受体2(human epidermal growth factor receptor-2,Her-2)对胃癌组织中免疫细胞浸润的影响及可能的机制.方法 从癌症基因组图谱(the Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库下载胃癌转录测序数据及临床资料.采用CIBERSORT反卷积算法获得胃癌微环境巾浸润的免疫细胞占比,分析其与Her-2表达的关系,筛选Her-2基因潜在的调控浸润免疫细胞的类型.采用基因集变异分析(gene set variation analysis,GSVA)评估与胃癌组织Her-2表达相关的信号通路集合,利用GEO(gene expression omnibus)收录的胃癌转录组数据验证Her-2基因表达与胃癌免疫细胞浸润程度的关系.结果 CIBERSORT分析TCGA数据库胃癌样本发现CD8+T细胞、静息状态记忆性CD4+T细胞、M0型巨噬细胞及肥大细胞在Her-2高表达及低表达组中的浸润程度差异有统计学意义(P=0.029,0.049,0.027,0.008).GEO数据库与TCGA数据库分析结果均显示,Her-2基因高表达与CD8+T细胞、静息状态记忆性CD4+T细胞、M0型巨噬细胞及肥大细胞的发育、诱导分化、迁移调控有关(P＜0.05),并影响胃癌组织中部分免疫细胞的浸润能力和程度.结论 在胃癌中Her-2基因高表达可能对部分免疫细胞形成和功能发挥具有抑制作用.