基于高通量测序探索粉尘暴露对巨噬细胞基因表达水平的影响

• 作者: 王迪 赵凤玲 郭伟
• 来源期刊: 中国卫生检验杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 纳米二氧化硅 巨噬细胞 生物信息学
• 年，卷（期）: 2019,（8）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 910-913
• 页数: 4页
• 分类号: R114
• 语种: 中文

摘要

目的 分析纳米粉尘暴露的巨噬细胞基因水平改变,明确巨噬细胞参与的相关疾病信号通路及潜在生物标志.方法 检索GEO数据库,筛选纳米粉尘暴露的巨噬细胞基因测序芯片,研究纳入基因芯片GSE13005.匹配最新版本基因注释文件后,通过R语言Bioconductor包比对分析差异表达基因,并对巨噬细胞基因本体(GO)分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析分别进行探索.结果 本文共筛选出差异表达基因(Differently Expressed Genes,DEGs)99个,其中91个基因高表达,34个基因低表达.GO分析显示DEGs主要参与平滑肌细胞分裂增殖、细胞脂质应答、p53信号通路、ROS应答、NF-κB信号通路、低氧应答、激酶应答等.经功能富集,GO、KEGG相关功能项可分为14组,病毒细胞周期的负向调节及平滑肌细胞的增值分裂占比较大,提示巨噬细胞染尘后可能主要与相关生物学进程的激活有关.结论 巨噬细胞染尘可导致基因表达异常,相关基因主要发挥抑病毒和促纤维化作用.