法洛四联症microRNA差异表达谱与临床胎儿基因芯片结果的功能及通路分析

• 作者: 倪梦瑶 张颖 朱湘玉 朱雨捷 李洁 顾雷雷
• 来源期刊: 中国优生与遗传杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 法洛四联症 microRNA 基因芯片 microRNA靶点预测 通路分析
• 年，卷（期）: 2019,（11）
• 所属期刊栏目: 分子遗传学与生化遗传学
• 页码范围: 1303-1306,1332,封3
• 页数: 6页
• 分类号: R726.2
• 语种: 中文

摘要

目的 对法洛四联症胎儿组织差异microRNAs (miRNAs)表达谱进行生物信息学分析,并和我院临床胎儿基因芯片结果进行比对,以期从整体水平揭示miRNAs在法洛四联症中的作用.方法 我们从Gene Expression Omnibus (GEO)数据库上搜索法洛四联症相关的miRNA数据集(GSE35490),并基于R语言1 imma包筛选特异性miRNAs(P值＜ 0.05,| log2Fold Change (FC)|值＞1),利用计算方法预测这些miRNAs作用的靶基因与我院27例法洛四联症胎儿的基因芯片数据进行比较取靶基因交集,将这些靶点在通路数据库中进行富集统计分析.结果 数据集筛选出29个差异的miRNAs,和基因芯片的交集筛选出2841个靶基因,最终富集出可能和法洛四联症相关的20条GO功能和11条反应通路.结论 法洛四联症是一个复杂疾病,尽管不同的miRNA功能和作用机制不同,在通路层次上我们可以系统地注解它们的功能和作用.