龙须菜不同世代间SSH文库差显基因的信息学分析及部分序列的转录验证

• 作者: 徐涤 朱玮芳 李凤婷 王洁 王莉莉 闫昊
• 来源期刊: 中国海洋大学学报（自然科学版）
• 学科: 生物学
• 关键词: 龙须菜 世代 SSH文库 实时荧光定量PCR
• 年，卷（期）: 2019,（11）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 56-65
• 页数: 10页
• 分类号: Q917.3
• 字数: 6519字
• 语种: 中文
• DOI: 10.16441/j.cnki.hdxb.20180141

摘要

本研究通过对5个龙须菜(Gracilariopsis lemaneiformis)抑制性消减杂交文库(SSH文库)的1 873条差异显示序列进行聚类和生物信息学分析,共获得118个重叠群以及247条未被聚类进任何重叠群的单条序列.Blast2GO注释分析结果说明龙须菜性别和世代的遗传是由多因子参与、多细胞共同完成的复杂生命活动.选取8条差显序列进行了实时荧光定量PCR分析以验证数据的可靠性,发现尽管SSH文库具有较高的假阳性率,但对斑点杂交结果进行进一步的聚类分析和RT-qPCR验证后可以有效提高实验结果的可信度,并从中发现contig03和7310很可能真正与雌配子体世代相关.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	徐涤	中国海洋大学海洋生物遗传学与育种教育部重点实验室海洋生命学院	16	182	8.0	13.0
2	王洁	中国海洋大学海洋生物遗传学与育种教育部重点实验室海洋生命学院	8	7	2.0	2.0
3	朱玮芳	中国海洋大学海洋生物遗传学与育种教育部重点实验室海洋生命学院	2	0	0.0	0.0
4	李凤婷	中国海洋大学海洋生物遗传学与育种教育部重点实验室海洋生命学院	2	0	0.0	0.0
5	王莉莉	中国海洋大学海洋生物遗传学与育种教育部重点实验室海洋生命学院	6	20	3.0	4.0