引入序列信息的残基相互作用网络比对算法

• 作者: 丁彦蕊 陶斯涵
• 来源期刊: 软件学报
• 学科: 工学
• 关键词: 残基相互作用网络比对 序列信息 网络拓扑信息 残基匹配度 蛋白质热稳定性
• 年，卷（期）: 2019,（11）
• 所属期刊栏目: 数据库技术
• 页码范围: 3413-3426
• 页数: 14页
• 分类号: TP391
• 字数: 7613字
• 语种: 中文
• DOI: 10.13328/j.cnki.jos.005571

摘要

残基相互作用网络比对,对于研究蛋白质结构与功能的关系具有重要意义.在基于网络拓扑信息进行网络比对的MAGNA算法基础上,将蛋白质的序列信息(即残基匹配度)引入到其优化函数中,确定拓扑信息和序列信息对比对的影响程度,提出适合于残基相互作用网络比对的SI-MAGNA算法.实验结果表明,SI-MAGNA算法比现有的基于网络拓扑信息的经典比对方法(GRAAL、MI-GRAAL、MAGNA和CytoGEDEVO)具有更高的边正确性(edge correctness,简称EC).最后,使用SI-MAGNA算法对来自不同耐热温度的生物的同源蛋白质进行网络比对和分析,探索蛋白质结构对其热稳定性的影响.