基于TCGA数据库的胶质母细胞瘤LncRNA风险预测模型的建立

• 作者: 张孟贤 彭慧 戴宇翃 秦凯 郭秋云
• 来源期刊: 肿瘤防治研究
• 学科: 医学
• 关键词: 胶质母细胞瘤 LncRNA TCGA数据库 Cox回归模型
• 年，卷（期）: 2019,（5）
• 所属期刊栏目: 临床研究
• 页码范围: 417-420
• 页数: 4页
• 分类号: R730.246
• 字数: 2369字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3971/j.issn.1000-8578.2019.19.0055

摘要

目的 利用TCGA数据库建立胶质母细胞瘤患者预后的LncRNA风险评分模型.方法 下载TCGA数据库中胶质母细胞瘤及正常神经组织的基因表达谱数据、临床相关数据,筛选差异表达LncRNA,采用单因素和多因素Cox风险回归模型筛选和建立LncRNA预后模型.结果 从TCGA数据库中得到169份胶质母细胞瘤组织和5份正常神经组织的基因表达谱,使用R语言edgeR包进行差异基因分析(logFC≥2或≤-2,FDR<0.05)得到差异基因7978个,其中差异LncRNA 1643个.单因素Cox分析及多因素Cox回归分析得到基于4个LncRNA的多因素预后风险模型:风险评分=0.59×NDUFB2-AS1-0.41×ZEB1-AS1+0.31×AL139385.1+0.21×AGAP2-AS1.模型的ROC曲线下面积AUC=0.864.患者风险评分结果 提示高评分患者预后较低评分患者差.结论 NDUFB2-AS1、ZEB1-AS1、AL139385.1和AGAP2-AS1的风险预测模型可有效预测胶质母细胞瘤患者的预后,有望用于指导临床治疗.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	张孟贤	华中科技大学同济医学院附属同济医院肿瘤中心	37	274	7.0	16.0
2	彭慧	华中科技大学同济医学院附属同济医院肿瘤中心	8	35	3.0	5.0
3	戴宇翃	华中科技大学同济医学院附属同济医院肿瘤中心	13	96	5.0	9.0
4	秦凯	华中科技大学同济医学院附属同济医院肿瘤中心	13	10	2.0	2.0
5	郭秋云	华中科技大学同济医学院附属同济医院肿瘤中心	16	44	4.0	6.0